CENTRO DE BIOLOGÍA MOLECULAR SEVERO OCHOACaptura de pantalla 2022 09 14 a las 10.27.10    

Grupo de modelado molecular

Resumen de Investigación:

Laboratorio de biología computacional. El trabajo está centrado en la integración de información evolutiva y estructural para el estudio de la función de las proteínas, la simulación de procesos dinámicos de interacción proteína-proteína y proteína-ligando, el desarrollo de nuevos sistemas de diseño de fármacos "in silico" y la generación de nuevos métodos cuantitativos de biología computacional.

Proyectos actuales:

  • A. Análisis mediante simulación computacional de reacciones enzimáticas catalizadas por enzimas de interés en biomedicina. Diseño de inhibidores específicos.
    • - Cohesina: Análisis de las interacciones moleculares de los componentes proteicos del anillo de cohesina entre ellos y con la molécula de ADN
    • - FtsZ: Simulación mediante dinámica molecular de los procesos de polimerización y despolimerización de la proteína del septo bacteriano FtsZ asociados a la actividad GTPasa de su centro activo.
    • - Carbapenemasas. Simulación dinámica de la interacción de carbapenemasas bacterianas (VIM-2, KPC-2, OXA-48) con sus sustratos y con inhibidores conocidos.
  • B. Desarrollo de un nuevo y eficiente sistema de diseño de fármacos basado en simulación dinámica computacional de estructuras macromoleculares. Sobre la base del análisis de los centros activos de las enzimas, el método desarrollado por nuestro grupo se centra en la simulación de estructuras proteicas mediante dinámica molecular durante varios cientos de nanosegundos, la selección automática de estructuras representativas y el filtrado de una base de datos de compuestos 3D para cada una de ellas:
    • - Moléculas capaces de inhibir el ciclo celular de las células tumorales humanas, con potencial para ser utilizadas como fármacos antitumorales.
    • - Moléculas inhibidoras del ciclo celular bacteriano que pueden utilizarse como potenciales antimicrobianos.
    • - Nuevos inhibidores de carbapenemasas listos para ser utilizados en ensayos clínicos.
  • C. Desarrollo de un nuevo y eficiente método (MEPSAnd) que calcula de forma no supervisada trayectorias de energía mínima a través de superficies de energía de cualquier número de dimensiones.

Página web del grupo: http://www.cbm.csic.es/bioweb

Image

Figura 1. Visión general de MEPSAnd, un nuevo y eficiente método desarrollado en el grupo que calcula de forma no supervisada las trayectorias de energía mínima a través de superficies de energía de cualquier número de dimensiones. La figura muestra un diagrama de los pasos del algoritmo MEPSAnd y algunos ejemplos y aplicaciones [doi: 10.1093/bioinformatics/btz649].

Image


* Para llamadas desde el exterior a la extension xxxx se debe marcar: 34 91196xxxx
ApellidosNombreLaboratorioExt.*e-mailCategoría profesional
Gómez PuertasPaulino313.14663pagomez(at)cbm.csic.esE.Científicos Titulares de Organismos Públicos de Investigación
Marcos AlcaldeIñigo3124662imarcos(at)cbm.csic.esM3 66,66%
Ros PardoDavid313.14662davidrp(at)cbm.csic.esM3

Publicaciones recientes:

  • Marcos-Alcalde, I., Lopez-Viñas, E. & Gómez-Puertas, P. (2020). MEPSAnd: Minimum Energy Path Surface Analysis over n-dimensional surfaces. Bioinformatics 36, 956–958. doi:1093/bioinformatics/btz649
  • Latorre-Pellicer, A., Ascaso, A., Trujillano, L., Gil-Salvador, M., Arnedo, M., Lucia-Campos, C., Antoñanzas-Pérez, R., Marcos-Alcalde, I., Parenti, I., Bueno-Lozano, G., Musio, A., Puisac, B., Kaiser, F.J., Ramos, F.J., *Gómez-Puertas, P. & *Pié, J. (*Corresponding authors) (2020). Evaluating Face2Gene as a Tool to Identify Cornelia de Lange Syndrome by Facial Phenotypes. International Journal of Molecular Sciences 21, 1042. doi:3390/ijms21031042
  • Lazo, P.A., García, J.L., Gómez-Puertas, P., Marcos-Alcalde, I., Arjona, C., Villarroel, A., González-Sarmiento, R. & Fons, C. (2020). Novel dominant KCNQ2 exon 7 partial in-frame duplication in a complex epileptic and neurodevelopmental delay syndrome. International Journal of Molecular Sciences 21, 4447. doi:3390/ijms21124447
  • Marcos, A.T., Martín-Doncel, E., Morejón-García, P., Marcos-Alcalde, I., Gómez-Puertas, P., Segura-Puimedon, M., Armengol, L., Navarro-Pando, J.M. & Lazo, P.A. (2020). VRK1 (Y213H) homozygous mutant impairs Cajal bodies in a hereditary case of distal motor neuropathy. Annals of Clinical and Translational Neurology 7, 808-818. doi:1002/acn3.51050
  • Ruiz-Márvez, E., Ramírez, C.A., Rodríguez, E.R., Flórez, M.M., Delgado, G., Guzmán, F., Gómez-Puertas, P., Requena, J.M. & Puerta, C.J. (2020). Molecular characterization of Tc964, a novel antigenic protein from Trypanosoma cruzi. International Journal of Molecular Sciences 21, 2432. doi:3390/ijms21072432
  • Krab, L.C., Marcos-Alcalde, I., Assaf, M., Balasubramanian, M., Andersen, J.B., Pedersen, A-M.B., Cefle, K., Fitzpatrick, D., Gudmundsson, S., Huisman, S., McKee, S., Maas, S.M., Menke, L.A., Mulder, P.A., Martínez, F., Mokry, J., Murch, O.D., Parker, M., Pie, J., Ramos, F., Rieubland, C., Scarano, E., Shinawi, M., Gómez-Puertas, P., Tümer, Z. & Hennekam, R.C. (2020). Delineation of phenotypes related to cohesin structural protein RAD21. Human Genetics 139, 575–592. doi:1007/s00439-020-02138-2
  • Arnedo, M., Latorre-Pellicer, A., Lucia-Campos, C., Gil-Salvador, M., Antoñanzas-Pérez, R., Gómez-Puertas, P., Bueno-Lozano, G., Puisac, B. & Pié, J. (2019). More Than One HMG-CoA Lyase: The Classical Mitochondrial Enzyme Plus the Peroxisomal and the Cytosolic Ones. International Journal of Molecular Sciences 20, 6124. doi:3390/ijms20246124
  • Gudmundsson, S., Annéren, G., Marcos-Alcalde, I., Wilbe, M., Melin, M., Gómez-Puertas, P. & Bondeson, M-L. (2019). A novel RAD21 p.(Gln592del) variant expands the clinical description of Cornelia de Lange syndrome type 4 - review of the literature. European Journal of Medical Genetics 62, 103526. doi:1016/j.ejmg.2018.08.007
  • Reis, F.P., Bárria, C., Gómez-Puertas, P., Gomes, C.M. & Arraiano, C.M. (2019). Identification of temperature-sensitive mutations and characterization of thermolabile RNase II variants. FEBS Letters 593, 352-360. doi:1002/1873-3468.13313
  • Marcos-Alcalde, I., Mendieta-Moreno, J.I., Puisac, B., Gil-Rodríguez, M.C., Hernández-Marcos, M., Soler-Polo, D., Ramos, F.J., Ortega, J., Pié, J., Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2017). Two-step ATP-driven opening of cohesin head. Scientific Reports 7, 3266. http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-03118-9
  • Marcos-Alcalde, I., Setoain, J., Mendieta-Moreno, J.I., Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2015). MEPSA: minimum energy pathway analysis for energy landscapes. Bioinformatics 31, 3853-3855. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv453
  • Mendieta-Moreno, J., Walker, R., Lewis, J., *Gómez-Puertas, P., Mendieta, J. & *Ortega, J. (*Corresponding authors) (2014). FIREBALL/AMBER: An efficient local-orbital DFT QM/MM method for biomolecular systems. Journal of Chemical Theory and Computation 10, 2185–2193. http://dx.doi.org/10.1021/ct500033w
  • Martín-García, F., Mendieta-Moreno, J.I., Marcos-Alcalde, I, *Gómez-Puertas, P. & Mendieta, J. (*Corresponding author). (2013). Simulation of catalytic water activation in mitochondrial F1-ATPase using a hybrid quantum mechanics/molecular mechanics approach: An alternative role for ß-Glu 188. Biochemistry 52, 959-966. http://dx.doi.org/10.1021/bi301109x

¡Atención! Este sitio usa cookies y tecnologías similares.

Si no cambia la configuración de su navegador, usted acepta su uso. Saber más

Acepto

POLÍTICA DE COOKIES

¿Qué son las cookies?

Una cookie es un fichero que se descarga en su ordenador al acceder a determinadas páginas web. Las cookies permiten a una página web, entre otras cosas, almacenar y recuperar información sobre los hábitos de navegación de un usuario o de su equipo y, dependiendo de la información que contengan y de la forma en que utilice su equipo, pueden utilizarse para reconocer al usuario.

Tipos de cookies

A continuación, se realiza una clasificación de las cookies en función de una serie de categorías. No obstante es necesario tener en cuenta que una misma cookie puede estar incluida en más de una categoría.

  1. Tipos de cookies según la entidad que las gestione

    Según quien sea la entidad que gestione el equipo o dominio desde donde se envían las cookies y trate los datos que se obtengan, podemos distinguir:

    • Cookies propias: son aquéllas que se envían al equipo terminal del usuario desde un equipo o dominio gestionado por el propio editor y desde el que se presta el servicio solicitado por el usuario.
    • Cookies de terceros: son aquéllas que se envían al equipo terminal del usuario desde un equipo o dominio que no es gestionado por el editor, sino por otra entidad que trata los datos obtenidos través de las cookies. En el caso de que las cookies sean instaladas desde un equipo o dominio gestionado por el propio editor pero la información que se recoja mediante éstas sea gestionada por un tercero, no pueden ser consideradas como cookies propias.

  2. Tipos de cookies según el plazo de tiempo que permanecen activadas

    Según el plazo de tiempo que permanecen activadas en el equipo terminal podemos distinguir:

    • Cookies de sesión: son un tipo de cookies diseñadas para recabar y almacenar datos mientras el usuario accede a una página web. Se suelen emplear para almacenar información que solo interesa conservar para la prestación del servicio solicitado por el usuario en una sola ocasión (p.e. una lista de productos adquiridos).
    • Cookies persistentes: son un tipo de cookies en el que los datos siguen almacenados en el terminal y pueden ser accedidos y tratados durante un periodo definido por el responsable de la cookie, y que puede ir de unos minutos a varios años.

  3. Tipos de cookies según su finalidad

    Según la finalidad para la que se traten los datos obtenidos a través de las cookies, podemos distinguir entre:

    • Cookies técnicas: son aquéllas que permiten al usuario la navegación a través de una página web, plataforma o aplicación y la utilización de las diferentes opciones o servicios que en ella existan como, por ejemplo, controlar el tráfico y la comunicación de datos, identificar la sesión, acceder a partes de acceso restringido, recordar los elementos que integran un pedido, realizar el proceso de compra de un pedido, realizar la solicitud de inscripción o participación en un evento, utilizar elementos de seguridad durante la navegación, almacenar contenidos para la difusión de videos o sonido o compartir contenidos a través de redes sociales.
    • Cookies de personalización: son aquéllas que permiten al usuario acceder al servicio con algunas características de carácter general predefinidas en función de una serie de criterios en el terminal del usuario como por ejemplo serian el idioma, el tipo de navegador a través del cual accede al servicio, la configuración regional desde donde accede al servicio, etc.
    • Cookies de análisis: son aquéllas que permiten al responsable de las mismas, el seguimiento y análisis del comportamiento de los usuarios de los sitios web a los que están vinculadas. La información recogida mediante este tipo de cookies se utiliza en la medición de la actividad de los sitios web, aplicación o  lataforma y para la elaboración de perfiles de navegación de los usuarios de dichos sitios, aplicaciones y plataformas, con el fin de introducir mejoras en función del análisis de los datos de uso que hacen los usuarios del servicio.

Cookies utilizadas en nuestra web

La página web del CBMSO utiliza Google Analytics. Google Analytics es una herramienta sencilla y fácil de usar que ayuda a los propietarios de sitios web a medir cómo interactúan los usuarios con el contenido del sitio. Puede consultar más información sobre las cookies utilizadas por Google Analitycs en este enlace.

Aceptación de la Política de cookies

El Centro de Biología Molecular Severo Ochoa asume que usted acepta el uso de cookies si continua navegando al considerar que se trata de una acción consciente y positiva de la que se infiere el consentimiento del usuario. En tal sentido se le informa previamente de que tal conducta será interpretada en el sentido de que acepta la instalación y utilización de las cookies.

Ante esta información es posible llevar a cabo las siguientes acciones:

  • Aceptar cookies: si el usuario pulsa el botón de aceptación, no se volverá a visualizar este aviso al acceder a cualquier página del portal.
  • Revisar la política de cookies: el usuario podrá acceder a la presente página en la que se detalla el uso de cookies, así como enlaces para modificar la configuración del navegador.

Cómo modificar la configuración de las cookies

Usted puede restringir, bloquear o borrar las cookies de cualquier página web, utilizando su navegador. En cada navegador la operación es diferente, aquí le mostramos enlaces sobre este particular de los navegadores más utilizados:

fondosocialeuropeo-300px.png
Ministerio-de-Ciencia-e-Innovacin-600px.png
Comunidad-de-Madrid-600Bpx.png
agenda20-30-600px.png
fundacion-areces600px0710.png
LOGO_ERC.jpg
hrexcellence.jpg
worldwidecancerresearch-600px0710.png
aecc-600tpx.png
bbva-fund-400.png
Niemann-Pick-400px.png
wilderfund-400px.png
AliciaKoplowitz-400px.png
la-caixa-fund-600px.png
inocente-inocente-600px.png
cure-alzheimers-fund-600px.png
citrin-foundation.png
tatiana-fund02-600bpx1.png
campus-excelencia-600x400px.png
fundacion-uno-entre-cien-mil-v02.png