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Lunes, 15 de Octubre de 2018

Dinámica y función del genoma

     Replicación del DNA del bateriófago ø29

 

 

MSalasGroup400

 


Margarita Salas 

ECompogrupo

EListado

 

Resumen de Investigación:

Hemos continuado con el estudio de la replicación del DNA de ø29 que se inicia mediante la proteína terminal (TP). Hemos diseccionado el papel de los residuos de unión al DNA de la TP en la replicación del DNA viral. Asimismo, hemos determinado que el residuo aromático Phe20 es uno de los determinantes que permiten el posicionamiento del penúltimo nucleótido en el sitio activo de polimerización para dirigir la inserción del dAMP iniciador. Hemos identificado un sitio en la TP que permite la inserción de péptidos de 17 aminoácidos manteniendo la capacidad de amplificación del DNA in vitro. En relación con la DNA polimerasa de ø29, en colaboración con el Dr. Borja Ibarra, hemos determinado el mecanismo de translocación durante la replicación procesiva del DNA. Además, hemos realizado un análisis transcripcional global de las interacciones virus-hospedador entre ø29 y Bacillus subtilis, encontrando genes que se sobreexpresan y otros en que su expresión disminuye. Por otra parte, hemos purificado y caracterizado la DNA polimerasa del fago Bam35, que infecta Bacillus thuringiensis, encontrando que es muy fiel y puede acoplar el desplazamiento de cadena a la síntesis procesiva del DNA. Además, tiene capacidad de síntesis translesión de sitios abásicos. También hemos caracterizado la TP de Bam35 y demostrado que se utiliza como “primer” en la iniciación de la replicación del DNA viral. En colaboración con la Dra. Nadine Fornelos, hemos determinado que la proteína gp7 del fago GIL01 de B. thuringiensis regula la transcripción interaccionando con el represor LexA bacteriano.

Hemos generado un recombinante del virus de la peste porcina africana (VPPA), del aislado BA71, delecionado en el gen viral CD2v, homólogo al CD2 celular. Este recombinante, designado BA71∆CD2, está altamente atenuado in vivo y ha demostrado conferir protección muy sólida contra el desafío experimental con aislados del VPPA letales homólogos y heterólogos.

 

figure 1

Fig. 1: El bacteriófago Bam35 es un nuevo modelo para el estudio de la replicación del DNA que se inicia con proteína: pasos iniciales de la replicación del TP-DNA. Un nuevo modelo de “jumping back” de un único nucleótido está implicado en la replicación del genoma de Bam35, en comparación con el mecanismo de “sliding back” de ø29 y el de “jumping back” de adenovirus.

 


 

Publicaciones:

  • Mojardín, L., Botet, J., Moreno, S. and Salas, M. (2015). Chromosome segregation and organization are targets of 5´-Fluorouracil in eukaryotic cells. Cell Cycle 14, 206-218.
  • Holguera, I., Muñoz-Espín, D. and Salas, M. (2015). Dissecting the role of DNA-binding residues of the ø29 terminal protein in viral DNA replication. Nucleic Acids Res. 43, 2790-801.
  • Morin, A,. Cao, F.J., Lázaro, J. M., Arias-Gonzalez, J.R., Valpuesta, J. M., Carrascosa, J.L., Salas, M. and Ibarra, B. (2015). Mechano-chemical kinetics of DNA replication: identification of the translocation step of a replicative DNA polymerase. Nucleic Acids Res. 43, 3643-3652.
  • Köhler, K., Duchardt-Fener, E., Lechner, M., Damm, K., Hoch, P.G., Salas, M. and Hartmann, R.K. (2015). Structural and mechanistic characterization of 6S RNA from the hyperthermophilic bacterium Aquifex aeolicus. Biochimie 117, 72-86.
  • Berjón-Otero, M., Villar, L., de Vega, M., Salas, M. and Redrejo-Rodríguez, M. (2015). DNA polymerase from temperate phage Bam35 is endowed with processive polymerization and abasic sites translesion synthesis capacity. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 112, 3476-3484.
  • Fornelos, N., Butala, M., Hodnik, V., Anderluh, G., Bamford, J. K. and Salas, M. (2015). Bacteriophage GIL01 gp7 interacts with host LexA repressor to enhance DNA binding and inhibit RecA-mediated auto-cleavage. Nucleic Acids Res. 43, 7315-7319.
  • del Prado, A., Lázaro, J.M., Longás, E., Villar, L., de Vega M. and Salas, M. (2015). Insights into the determination of the templating nucleotide at the initiation of 29 DNA replication. J.Biol.Chem. 290, 27138-27145.
  • Salas, M., Holguera, I., Redrejo-Rodríguez, M. and de Vega, M. (2016). DNA-binding proteins essential for protein-primed bacteriophage ø29 DNA replication. Frontiers in Molecular Biosciences. 3, 37.
  • Berjón-Otero, M., Villar, L., Salas, M. and Redrejo-Rodríguez, M. (2016). Disclosing early steps of protein-primed genome replication of the Grampositive tectivirus Bam35. Nucleic Acids Res. 44, 9733-9744.
  • Mojardín L. and Salas, M. (2016). Global transcriptional analysis of virus-host interactions between phage ø29 and Bacillus subtilis. J. Virol. 90, 9293-9304.
  • Gella, P., Salas, M. and Mencía, M. (2016). Engineering permissive insertion sites in the bacteriophage Phi29 DNA-linked terminal protein. PLoS One, 11, 164901.
  • Salas, M. (2016). My scientific life. Bacteriophage 6, 1271250.
  • Suarez, C., Andrés, G., Kolovou, A., Hoppe, S., Salas, M. L., Walther, P. and Krijnse Locker, J. (2015). African swine fever virus assembles a single membrane derived from rupture of the endoplasmic reticulum. Cellular Microbiol. 17, 1683-1698.
  • Lacasta, A., Monteagudo, P. L., Jiménez-Marín, A., Accensi, F., Ballester, M., Argilaguet, J., Galindo, I., Segalés, J., Salas, M. L., Domínguez, J., Moreno, A., Garrido J. J. and Rodríguez, F. (2015) Live attenuated African swine fever viruses as ideal tools to dissect the mechanisms involved in viral pathogenesis and immune protection. Veterinary Research 46,135 DOI: 10.1186/s13567-015-0275-z.
  • Rodríguez, J. M., Moreno, L. T., Alejo, A., Lacasta, A., Rodríguez, F. and Salas, M. L. (2015) Genome sequence of African swine fever virus BA71, the virulent parental strain of the nonpathogenic and tissue-culture adapted BA71V. PLoS One Nov.30; 10 (11): e0142889. Doi: 10.1371/journal.pone.0142889. eCollection.
  • Hernaez, B., Guerra, M., Salas, M. L. and Andrés, G. (2016) The uncoating of African swine fever virus: a stepwise disassembly process that culminates in inner envelope fusion at multivesicular endosomes. PLoS Pathog 12 (4): e105595 doi:101371/journal.ppat 1005595.

 


 

Capítulo de libro:

  • Salas, M. and de Vega, M. (2016). Protein-primed replication of bacteriophage ø29 DNA. In: Laurie S. Kaguni and Marcos Túlio Oliveira, editors, The Enzymes, Vol. 39, Burlington: Academic Press, pp 137-167.
  • de Vega, M., Lázaro, J.M. and Salas, M. (2016). Improvement of ø29 DNA polymerase amplification performance by fusión of DNA binding motifs. New Enzymes Useful in Rolling Circle Amplification (RCA). Springer, Demidov Ed. 10.1007/978-3-319-42226-8, pp 11-24.404.

 


 

Actividades Científicas:

  • Co-dirigió la asignatura de Estabilidad de Genomas: Replicación, Reparación y Mutagénesis del Master Biología Molecular y Celular englobado en el Programa Oficial de Posgrado de Biociencias Moleculares de la Universidad Autónoma de Madrid (2015-2016 y 2016-2017).
  • Co-dirigió el Curso “Biomedicina y Biotecnología en la era genómica” de la Escuela de Biología Molecular “Eladio Viñuela”. Universidad Internacional Menéndez Pelayo (2015). Organizó la XIII y XIV Semana de la Ciencia del Ayuntamiento de Luarca. Asturias 2015 y 2016.
  • Co-dirigió el Curso “La superación de la crisis a través de la Ciencia” de la Escuela de Biología Molecular “Eladio Viñuela”. Universidad Internacional Menéndez Pelayo (2016).

 


 

Premios y Distinciones:

  • Denominación “Margarita Salas” al Bulevar del Parque Tecnológico de Andalucía. Málaga (2015–).
  • Medalla de Honor de la Real Academia Nacional de Medicina (2015).
  • Denominación “Margarita Salas” al IES Sevilla Este. Sevilla (2016–).
  • Medalla Echegaray de la Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales (2016).
  • Miembro del Consejo Rector de la Agencia Estatal de Investigación (2016–).

 


 

Tesis Doctorales:

  • Alicia del Prado Díaz (2015). Estudios estructurales y funcionales de la DNA polimerasa y la proteína terminal del bacteriófago phi29. Universidad Autónoma de Madrid. Directores: Margarita Salas y Miguel de Vega.
  • Isabel María Holguera López (2015). Estudio del dominio de unión a DNA de la proteína terminal del bacteriófago ø29 y su papel en la replicación del DNA viral. Universidad Autónoma de Madrid. Directores: Margarita Salas y Daniel Muñoz-Espín.
  • Pablo Gella Montero (2016). Optimización del sistema replicativo del bacteriófago phi29 para aplicaciones biotecnológicas. Universidad Autónoma de Madrid. Directores: Margarita Salas y Mario Mencía.

 


 

 ComFuturo-Vertical-Color-POS-Transp.png

 

La Fundación General CSIC, financia a través del Programa ComFuturo el contrato del investigador Modesto Redrejo Rodríguez para la realización del proyecto "Nuevas ADN polimerasas de fusión con aplicaciones biotecnológicas".

 


 

Currículum Vitae Margarita Salas

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