La Junta recibe apoyo y asesoramiento de diversas Comisiones de constituidas por su personal científico y miembros del Departamento Técnico.
Organigrama

Estructura científica
Desde el punto de vista científico, el CBMSO está formado por 65 Líneas de Investigación, agrupadas en seis áreas científicas:Biología del Desarrollo, Neurobiología, Inmunología y Virología, Regulación de la Expresión Génica, Biología Celular y Bioinformática. En conjunto, el CBMSO cuenta con 97 científicos de plantilla (53 del CSIC y 44 de la UAM), 115 becarios postdoctorales y contratados, y 223 becarios predoctorales, además de 242 personas de apoyo a la investigación, de las que 123 forman parte del Departamento Técnico.
Infraestructura y Servicios comunes
El CBMSO cuenta con un Departamento Técnico, dirigido por un Gerente y compuesto por servicios que prestan un apoyo técnico directo a las Líneas de Investigación (Administración, Biblioteca, Compras, Citometria de flujo, Mantenimiento, Instrumentación, Lavado y Esterilización, Cultivos Celulares, Fotografía, Ordenadores, Animalario, Fermentación, Informática, Genómica, Microscopia Electrónica, Microscopía Confocal y Química de Proteínas / Proteoma, Seguridad y Salud y Seguridad Biológica).