{"id":279102,"date":"2024-07-31T09:00:22","date_gmt":"2024-07-31T07:00:22","guid":{"rendered":"https:\/\/dhcp205002.cbm.uam.es\/?page_id=279102"},"modified":"2024-11-12T08:45:16","modified_gmt":"2024-11-12T07:45:16","slug":"grupo-de-modelado-molecular","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/www.cbm.uam.es\/index.php\/programas-cientificos\/interacciones-con-el-entorno\/microorganismos-en-la-salud-y-el-bienestar\/grupo-de-modelado-molecular\/?lang=es","title":{"rendered":"Modelado molecular"},"content":{"rendered":"

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Programa Cient\u00edfico<\/p>\n

[\/et_pb_text][et_pb_heading title=”Interacciones con el entorno” _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” title_font=”Montserrat||||||||” title_text_color=”#FFFFFF” title_font_size=”43px” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_heading][\/et_pb_column][et_pb_column type=”3_5″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” custom_padding=”157px||||false|false” global_colors_info=”{}”][et_pb_text _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”]<\/p>\n

UNIDADES EN ESTE PROGRAMA
\n<\/span><\/h4>\n
\n

\nMicroorganismos en la salud y el bienestar<\/a><\/span> Desarrollo y funci\u00f3n del sistema inmunitario<\/a><\/span> <\/h6>\n

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\nSitio web externo del grupo<\/a>
\nORCID<\/span><\/a><\/p>\n

[\/et_pb_text][\/et_pb_column][\/et_pb_row][\/et_pb_section][et_pb_section fb_built=”1″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” background_color=”#13B5BD” custom_margin=”0px||0px||false|false” custom_padding=”0px||0px||false|false” da_disable_devices=”off|off|off” global_colors_info=”{}” da_is_popup=”off” da_exit_intent=”off” da_has_close=”on” da_alt_close=”off” da_dark_close=”off” da_not_modal=”on” da_is_singular=”off” da_with_loader=”off” da_has_shadow=”on”][et_pb_row column_structure=”1_3,1_3,1_3″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_column type=”1_3″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_button button_url=”#investiga” button_text=”Investigaci\u00f3n” button_alignment=”center” _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” custom_button=”on” button_bg_color=”#34609B” animation_style=”zoom” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_button][\/et_pb_column][et_pb_column type=”1_3″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_button button_url=”#personal” button_text=”Miembros del grupo” button_alignment=”center” _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” custom_button=”on” button_bg_color=”#34609B” custom_padding=”|44px||44px|false|true” animation_style=”zoom” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_button][\/et_pb_column][et_pb_column type=”1_3″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_button button_url=”#publica” button_text=”Publicaciones” button_alignment=”center” _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” custom_button=”on” button_bg_color=”#34609B” animation_style=”zoom” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_button][\/et_pb_column][\/et_pb_row][\/et_pb_section][et_pb_section fb_built=”1″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” background_enable_image=”off” background_size=”custom” background_image_height=”84%” background_position=”bottom_right” custom_margin=”0px||0px||false|false” custom_padding=”0px||15px||false|false” da_disable_devices=”off|off|off” global_colors_info=”{}” da_is_popup=”off” da_exit_intent=”off” da_has_close=”on” da_alt_close=”off” da_dark_close=”off” da_not_modal=”on” da_is_singular=”off” da_with_loader=”off” da_has_shadow=”on”][et_pb_row column_structure=”1_2,1_2″ use_custom_gutter=”on” gutter_width=”2″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” custom_margin=”20px||||false|false” custom_padding=”|88px|||false|false” global_colors_info=”{}”][et_pb_column type=”1_2″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_text admin_label=”resumen” module_id=”resumen” module_class=”resumen” _builder_version=”4.27.2″ _module_preset=”default” text_font_size=”15px” text_line_height=”1.8em” background_color=”#f1f8fe” custom_padding=”20px|20px|20px|20px|true|false” border_width_top=”1px” border_color_top=”#008C93″ border_width_bottom=”1px” border_color_bottom=”#008C93″ global_colors_info=”{}”]<\/p>\n

Laboratorio de biolog\u00eda computacional. El trabajo se centra en la integraci\u00f3n de informaci\u00f3n evolutiva y estructural para estudiar la funci\u00f3n de las prote\u00ednas, la simulaci\u00f3n de procesos din\u00e1micos de interacci\u00f3n prote\u00edna-prote\u00edna y prote\u00edna-ligando, el desarrollo de nuevos sistemas de dise\u00f1o de f\u00e1rmacos “in silico” y la generaci\u00f3n de nuevos m\u00e9todos cuantitativos para biolog\u00eda computacional. <\/p>\n

[\/et_pb_text][\/et_pb_column][et_pb_column type=”1_2″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” custom_padding=”||||false|false” global_colors_info=”{}”][et_pb_image src=”https:\/\/www.cbm.uam.es\/wp-content\/uploads\/2024\/10\/Paulino_imagen_1_apaisado-scaled.jpg” title_text=”Imagen representativa del grupo” _builder_version=”4.27.0″ _module_preset=”default” min_height=”216.3px” custom_margin=”||-15px|||” custom_padding=”|||19px||” animation_style=”zoom” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_image][\/et_pb_column][\/et_pb_row][et_pb_row column_structure=”3_5,2_5″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” custom_margin=”||||false|false” custom_padding=”0px||||false|false” global_colors_info=”{}”][et_pb_column type=”3_5″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_heading title=”Investigaci\u00f3n” module_id=”investiga” _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” custom_margin=”0px|||0px|false|false” custom_padding=”3px|||8px|false|false” border_width_left=”6px” border_color_left=”#34609B” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_heading][et_pb_text _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”]<\/p>\n

Proyectos en curso:<\/p>\n

– An\u00e1lisis mediante simulaci\u00f3n computacional de reacciones enzim\u00e1ticas catalizadas por enzimas de inter\u00e9s biom\u00e9dico. Dise\u00f1o de inhibidores espec\u00edficos. Cohesina: An\u00e1lisis de las interacciones moleculares entre los componentes proteicos del anillo de cohesina y de la interacci\u00f3n del complejo proteico con el ADN. Carbapenemasas: Simulaci\u00f3n din\u00e1mica de la interacci\u00f3n de carbapenemasas bacterianas (VIM-2, KPC-2, OXA-48) con sustratos e inhibidores conocidos. <\/p>\n

– Desarrollo de un nuevo y eficaz sistema de dise\u00f1o de f\u00e1rmacos basado en la simulaci\u00f3n din\u00e1mica computacional de estructuras macromoleculares. Basado en el an\u00e1lisis de centros activos de enzimas, el m\u00e9todo desarrollado por nuestro grupo consiste en simular estas estructuras proteicas mediante din\u00e1mica molecular durante varios cientos de nanosegundos, seleccionar diferentes estructuras representativas y filtrar una base de datos de compuestos 3D para cada una de ellas. Se utiliza actualmente en el dise\u00f1o de nuevos inhibidores de carbapenemasas y el dise\u00f1o de inhibidores espec\u00edficos como f\u00e1rmacos antitumorales. <\/p>\n

– Desarrollo de m\u00e9todos eficaces para calcular trayectorias de valores de par\u00e1metros m\u00ednimos o m\u00e1ximos (p.e., trayectorias de m\u00ednima energ\u00eda) a trav\u00e9s de superficies de cualquier n\u00famero de dimensiones.<\/p>\n

[\/et_pb_text][\/et_pb_column][et_pb_column type=”2_5″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_image src=”https:\/\/www.cbm.uam.es\/wp-content\/uploads\/2024\/10\/Grupo-Paulino.jpg” title_text=”Foto del grupo” _builder_version=”4.27.0″ _module_preset=”default” custom_margin=”60px||||false|false” custom_padding=”|||27px||” animation_style=”zoom” border_width_all=”3px” border_color_all=”#13B5BD” box_shadow_style=”preset3″ global_colors_info=”{}”][\/et_pb_image][\/et_pb_column][\/et_pb_row][\/et_pb_section][et_pb_section fb_built=”1″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” background_color=”rgba(0,0,0,0.04)” da_disable_devices=”off|off|off” global_colors_info=”{}” da_is_popup=”off” da_exit_intent=”off” da_has_close=”on” da_alt_close=”off” da_dark_close=”off” da_not_modal=”on” da_is_singular=”off” da_with_loader=”off” da_has_shadow=”on”][et_pb_row _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_column type=”4_4″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_heading title=”Miembros del grupo” module_id=”personal” _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” custom_margin=”0px|||0px|false|false” custom_padding=”3px|||8px|false|false” border_width_left=”6px” border_color_left=”#34609B” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_heading][\/et_pb_column][\/et_pb_row][et_pb_row _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” max_width=”2560px” global_colors_info=”{}”][et_pb_column type=”4_4″ _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_code _builder_version=”4.25.2″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_row _builder_version=\"4.25.0\" _module_preset=\"default\" column_structure=\"1_4,1_4,1_4,1_4\" hover_enabled=\"0\" sticky_enabled=\"0\"][et_pb_column _builder_version=\"4.25.0\" _module_preset=\"default\" type=\"1_4\"][et_pb_blurb title=\"Paulino G\u00f3mez Puertas\" image=\"\/imgs\/465.jpg\" _builder_version=\"4.25.0\" _module_preset=\"default\" header_text_align=\"center\" body_text_align=\"center\" global_colors_info=\"{}\" theme_builder_area=\"post_content\" module_class=\"roundedImg\"]

Lab.: 313 Ext.: 4663
pagomez(at)cbm.csic.es<\/p>[\/et_pb_blurb][\/et_pb_column][et_pb_column _builder_version=\"4.25.0\" _module_preset=\"default\" type=\"1_4\"][et_pb_blurb title=\"I\u00f1igo Marcos Alcalde\" image=\"\/imgs\/1549.jpg\" _builder_version=\"4.25.0\" _module_preset=\"default\" header_text_align=\"center\" body_text_align=\"center\" global_colors_info=\"{}\" theme_builder_area=\"post_content\" module_class=\"roundedImg\"]

Lab.: 313 Ext.: 4662
imarcos(at)cbm.csic.es<\/p>[\/et_pb_blurb][\/et_pb_column][et_pb_column _builder_version=\"4.25.0\" _module_preset=\"default\" type=\"1_4\"][et_pb_blurb title=\"Pablo Fernandez Vaquero\" image=\"\/imgs\/6549.jpg\" _builder_version=\"4.25.0\" _module_preset=\"default\" header_text_align=\"center\" body_text_align=\"center\" global_colors_info=\"{}\" theme_builder_area=\"post_content\" module_class=\"roundedImg\"]

Lab.: 313 Ext.: 4662
pablo.fernandez(at)cbm.csic.es<\/p>[\/et_pb_blurb][\/et_pb_column][\/et_pb_row][\/et_pb_code][\/et_pb_column][\/et_pb_row][\/et_pb_section][et_pb_section fb_built=”1″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” background_color=”RGBA(255,255,255,0)” da_disable_devices=”off|off|off” global_colors_info=”{}” da_is_popup=”off” da_exit_intent=”off” da_has_close=”on” da_alt_close=”off” da_dark_close=”off” da_not_modal=”on” da_is_singular=”off” da_with_loader=”off” da_has_shadow=”on”][et_pb_row _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_column type=”4_4″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_heading title=”Publicaciones representativas” module_id=”personal” _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” custom_margin=”0px|||0px|false|false” custom_padding=”3px|||8px|false|false” border_width_left=”6px” border_color_left=”#34609B” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_heading][\/et_pb_column][\/et_pb_row][et_pb_row column_structure=”1_4,1_4,1_4,1_4″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” animation_style=”zoom” global_colors_info=”{}”][et_pb_column type=”1_4″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_image src=”https:\/\/www.cbm.uam.es\/wp-content\/uploads\/2024\/11\/5_paper_image_MolecularModelingGroup.jpg” alt=”figure: stag2 as ratchet mechanism” title_text=”HiRes” url_new_window=”on” _builder_version=”4.27.2″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_image][\/et_pb_column][et_pb_column type=”1_4″ _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_text _builder_version=”4.27.2″ _module_preset=”default” link_option_url=”https:\/\/www.sciencedirect.com\/science\/article\/pii\/S0141813024046270″ link_option_url_new_window=”on” global_colors_info=”{}”]<\/p>\n

STAG2-RAD21 Complex: a Unidirectional DNA Ratchet Mechanism in Loop Extrusion<\/h3>\n

David Ros-Pardo et al.<\/p>\n

[\/et_pb_text][\/et_pb_column][et_pb_column type=”1_4″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_image src=”https:\/\/www.cbm.uam.es\/wp-content\/uploads\/2024\/10\/2_paper_image_MolecularModelingGroup-Paulino-Gomez-Puertas.jpg” title_text=”Imagen sobre la publicaci\u00f3n” url_new_window=”on” _builder_version=”4.27.0″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_image][\/et_pb_column][et_pb_column type=”1_4″ _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_text _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” link_option_url=”https:\/\/academic.oup.com\/bioinformatics\/article\/31\/23\/3853\/208744″ link_option_url_new_window=”on” global_colors_info=”{}”]<\/p>\n

MEPSA: minimum energy pathway analysis for energy landscapes <\/h3>\n

I\u00f1igo Marcos-Alcalde et al.<\/p>\n

[\/et_pb_text][\/et_pb_column][\/et_pb_row][et_pb_row column_structure=”1_4,1_4,1_4,1_4″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” animation_style=”zoom” global_colors_info=”{}”][et_pb_column type=”1_4″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_image src=”https:\/\/www.cbm.uam.es\/wp-content\/uploads\/2024\/06\/3_paper_image_MolecularModelingGroup-Paulino-Gomez-Puertas-1.jpg” title_text=” ” url_new_window=”on” _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_image][\/et_pb_column][et_pb_column type=”1_4″ _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_text _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” link_option_url=”https:\/\/academic.oup.com\/bioinformatics\/article\/36\/3\/956\/5550624″ link_option_url_new_window=”on” global_colors_info=”{}”]<\/p>\n

MEPSAnd: minimum energy path surface analysis over n-dimensional surfaces <\/h3>\n

I\u00f1igo Marcos-Alcalde et al.<\/p>\n

[\/et_pb_text][\/et_pb_column][et_pb_column type=”1_4″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_image src=”https:\/\/www.cbm.uam.es\/wp-content\/uploads\/2024\/10\/4_paper_image_MolecularModelingGroup-Paulino-Gomez-Puertas-scaled.jpg” title_text=”Imagen sobre la publicaci\u00f3n” url_new_window=”on” _builder_version=”4.27.0″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_image][\/et_pb_column][et_pb_column type=”1_4″ _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_text _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” link_option_url=”https:\/\/www.mdpi.com\/1422-0067\/25\/2\/1280″ link_option_url_new_window=”on” global_colors_info=”{}”]<\/p>\n

STAG2: Computational Analysis of Missense Variants Involved in Disease<\/h3>\n

David Ros-Pardo et al.<\/p>\n

[\/et_pb_text][\/et_pb_column][\/et_pb_row][\/et_pb_section][et_pb_section fb_built=”1″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” background_color=”rgba(0,0,0,0.04)” da_disable_devices=”off|off|off” global_colors_info=”{}” da_is_popup=”off” da_exit_intent=”off” da_has_close=”on” da_alt_close=”off” da_dark_close=”off” da_not_modal=”on” da_is_singular=”off” da_with_loader=”off” da_has_shadow=”on”][et_pb_row _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_column type=”4_4″ _builder_version=”4.23.4″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_heading title=”\u00daltimas publicaciones” module_id=”publica” _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” custom_margin=”0px|||0px|false|false” custom_padding=”3px|||8px|false|false” border_width_left=”6px” border_color_left=”#34609B” global_colors_info=”{}”][\/et_pb_heading][\/et_pb_column][\/et_pb_row][et_pb_row _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_column type=”4_4″ _builder_version=”4.25.0″ _module_preset=”default” global_colors_info=”{}”][et_pb_code _builder_version=”4.27.2″ _module_preset=”default” hover_enabled=”0″ global_colors_info=”{}” sticky_enabled=”0″]<\/p>\n

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