bioweb: molecular modelling group / grupo de modelado molecular

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RESEARCH LINES / LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN.


Development of a novel "in silico" drug design system based on the properties of the receptor molecule. This project is developed in the framework of an R&D contract between Biomol-Informatics (Madrid Science Park) and the Fundación "Severo Ochoa".
Desarrollo de un nuevo sistema "in silico" de diseño de fármacos basado en las propiedades de la molécula receptora. Proyecto desarrollado en el marco de un contrato de I+D entre Biomol-Informatics (Parque Científico de Madrid) y la Fundación "Severo Ochoa".
 
Bioinformatic modeling of Carnitine Palmitoyltransferase I enzyme and its relationship with obesity and insulin secretion: in silico design of anti-obesity drugs. Project in cooperation with the "Gene Regulation of Fatty Acids Group" at the Barcelona University and the Department of Biophysics of the Institute of Physical Chemistry "Rocasolano" (IQFR-CSIC).
Modelos bioinformáticos de la enzima Carnitina Palmitoiltransferasa I y su relación con obesidad y secrección de insulina: diseño in silico de fármacos anti-obesidad. Proyecto en cooperación con el "Grupo de Regulación Génica de la Oxidación de Ácidos Grasos" de la Universidad de Barcelona y el Departmento de Biofísica del Instituto de Física Química "Rocasolano" (IQFR-CSIC).
 
Molecular dynamics simulation of polymerization and depolymerization processes of bacterial septum protein FtsZ. in silico design of specific inhibitors to be used as antibacterial drugs. Project in cooperation with the "Genetic Control of the Cell Cycle" Lab. at the Centro Nacional de Biotecnología and Biomol-Informatics in the framework of a 7FP-EU Collaborative Project.
Simulación mediante dinámica molecular de los procesos de polimerización y despolimerización de la proteína de septo bacteriano FtsZ: diseño in silico de inhibidores específicos que puedan utilizarse como futuros antibacterianos. Proyecto en cooperación con el Laboratorio de "Control Genético del Ciclo celular". del Centro Nacional de Biotecnología y Biomol-Informatics en el marco de un "Collaborative Project" del 7PM-UE.
 
Bioinformatics approaches to Cornelia de Langue Syndrome (CdLS). Analysis of genomic sequences using "Next Generation Sequencing". Molecular dynamics simulations of cohesin ring proteins. Project in cooperation with Dr. Juan Pie (Faculty of Medicine, University of Zaragoza).
Bioinformática del Síndrome de Cornelia de Langue (CdLS). Análisis de secuencias genómicas mediante "Secuenciación Masiva". Simulación por Dinámica Molecular del las proteínas del anillo de Cohesinas. Proyecto en cooperación con el Dr. Juan Pie (Facultad de Medicina, Universidad de Zaragoza).
 
Quantum Mechanics/Molecular Mechanics study of the enzymatic mechanism of GTPases and ATPases. Implementation of Density Functional Theory (DFT). Project in cooperation with Dr. José Ortega (Department of Theoretical Condensed Matter Physics, Autonomous University of Madrid).
Estudio mediante Mecánica Cuántica/Mecánica Molecular del mecanismo enzimático de GTPasas y ATPasas. Implementación de la Teoría de Funcionales de Densidad (DFT). Proyecto in cooperación con el Dr. José Ortega (Departamento de Física Teórica de la Materia Condensada, Universidad Autónoma de Madrid).
 
FUNDING / FINANCIACIÓN.


2011-2012."Use of specific peptides from proteins FtsA and FtsZ as antimicrobials" / "Uso de péptidos específicos de la proteínas FtsZ y FtsA como antimicrobianos". Plan Nacional I+D+I Ref.: EXPLORA SAF2011-13156-E. (Principal Inv.: Paulino Gómez-Puertas).
 
2011-2014."DIGEN-1K: Experimental development of a Genetic Diagnostics Method using Next Generation Sequencing" (Partners: Biomol-Informatics SL, Madrid Science Park, Hospital La Paz Institute for Health Research -IdiPaz-). / "DIGEN-1K: Desarrollo Experimental de un Sistema de Diagnóstico Genético e Identificación de Patógenos mediante Secuenciación Genómica". (En colaboración con: Biomol-Informatics SL, Parque Cientifico de Madrid, Instituto de Investigación Hospital Universitario La Paz -IdiPaz-). Plan Nacional I+D+I Ref.: INNPACTO IPT-2011-0964-900000. (Principal Inv.: Paulino Gómez-Puertas).
 
2008-2012. "Development of a computer-aided drug design system". Contract for Research and Development on Bioinformatics between Biomol-Informatics SL and Fundación "Severo Ochoa". / "Desarrollo de un sistema de diseño computacional de fármacos". Contrato de Investigación y Desarrollo en Bioinformática entre Biomol-Informatics SL y la Fundación "Severo Ochoa". (Coord.: Paulino Gómez-Puertas).
 
2008-2012. Type-C Consolider: "Molecular bases of action of carnitine palmitoyltransferases as regulators of fat oxidation and their role on insulin resistance, type II diabetes and the hypothalamic appetite regulation". / Eje-C Consolider: "Bases moleculares de acción de las carnitina aciltransferasas como reguladoras de la oxidación de las grasas y su papel en la obesidad, la resistencia a la insulina y el apetito". Plan Nacional I+D+I 2007. Ref: SAF2007-61926. (Coordinador Consolider: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona).
 
2007-2011. "Structure and function of human CPTI. / Estructura y función de la CPT1 humana.". F.I.S. CIBER 2006: Fisiopatología de la Obesidad y Nutrición. Ref: CB06/03/0026. (Principal Inv: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona).
 
2007-2010. "COMBACT. New targets to combat pathogenic bacteria. / COMBACT. Nuevas dianas para combatir a las bacterias patógenas". Comunidad de Madrid, I+D Biociencias 2006. Ref: S-BIO-0260-2006. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
 
2007-2009. "BIOSINCEL. Synthetic biology of cellular division: reconstruction of the bacterial division proto-ring. / BIOSINCEL. Biología sintética de la división celular: reconstrucción del proto-anillo de división bacteriano". CSIC: Proyectos Intramurales de Frontera 2006. Ref: 200620F0022. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
 
2004-2007. "Bioinformatics: Protein-protein and protein-ligand interactions. Modelling human CPTI function. / Bioinformática: Interacciones proteína-proteína y proteína-ligando. Modelado de la función de la CPTI humana". Plan Nacional I+D+I 2003. Ref: SAF2004-06843. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
 
2004. "Molecular basis of the anti-obesity properties of C75 compound. / Bases Moleculares de las Propiedades Anti-Obesidad del Fármaco C75". Fundación Puleva. Research Prize 2004. (Principal Inv: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona).
 
2003-2004. "GenomeSpace: sequence to structure. / GenomeSpace: de la secuencia a la estructura". Intramural CAB-CSIC. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
 
2002-2005. "Bio-PARTNeR: Protein interaction network / Bio-PARTNeR: Red de interacción entre proteínas". Fundación Ramón Areces. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
 







BIOWEB: MOLECULAR MODELLING GROUP
Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" (CSIC-UAM).
http://www.cbm.uam.es/bioweb
C/ Nicolás Cabrera, 1. Campus UAM, Cantoblanco.
28049 Madrid. Spain
Tel: (+34) 91 196 4662 / 4663   Fax: (+34) 91 196 4420
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