BIOWEB: MOLECULAR MODELLING GROUP

bioweb: molecular modelling group / grupo de modelado molecular

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Paulino Gómez-Puertas

Dr. Paulino Gómez-Puertas.
(Sta. Mª del Páramo, León -Spain-. 1965)
Científico Titular CSIC.
Profesor Honorario UAM.

Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa".
C/ Nicolás Cabrera, 1.
Campus UAM. Cantoblanco, 28049 Madrid. Spain.
Tel: (+34) 91-196-4663 Fax: (+34) 91-196-4420
e-mail: pagomez@cbm.uam.es
URL: http://www.cbm.uam.es/bioweb
http://www.cbm.uam.es/pagomez

Academic degrees / Títulos académicos

Career / Trayectoria profesional.

since 2004

Awards / Reconocimientos.

Doctorate Prize / Premio Extraordinario de Doctorado. 1992. Universidad Autónoma de Madrid.
"Juan Abelló" Biochemistry Award / Premio "Juan Abelló" de Bioquímica. 1994. Spanish Royal Academy of Doctors / Real Academia de Doctores.

Others / Otros.

Member of the Spanish Society for Biochemistry and Molecular Biology / Miembro de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular (SEBBM).
Evaluator of project proposals for the "National Evaluation and Foresight Agency (ANEP)" of the Spanish Ministry of Science and Innovation. / Evaluador de proyectos de la "Agencia Nacional de Evaluación y Prospectiva (ANEP)" del Ministerio de Ciencia e Innovación.
Evaluator of project proposals for the "Agency for Administration of University and Research Grants" of the Catalonian Autonomous Government. / Evaluador de proyectos de la "Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca" de la Generalitat de Catalunya.
Evaluator of project proposals for the "Administration Office for Research, Development and Innovation" of the Autonomous Government of Galicia. / Evaluador de proyectos de la "Dirección Xeral de Investigación, Desenvolvemento e Innovación" de la Xunta de Galicia.
Referee for International Journals in the field of Molecular Biology.

Spin-off companies / Empresas "spin-off"

2007. Founder of Biomol-Informatics SL, a spin-off company of Parque Científico de Madrid. / Fundador de Biomol-Informatics SL, una empresa "spin-off" del Parque Científico de Madrid.
2009. Biomol-Informatics participates in the "Divinocell" consortium, a Collaborative Project financed by the 7FP-EU (ref. HEALTH-F3-2009-223431) / Biomol-Informatics participa en el consorcio "Divinocell" un Collaborative Project financiado por el 7PM-UE (ref. HEALTH-F3-2009-223431). SEE AN INTERVIEW HERE / VEA UNA ENTREVISTA AQUÍ.
2011. Biomol-Informatics participates in the "Dorian" consortium, a Collaborative Project financed by the 7FP-EU (ref. FP7-HEALTH-2011-278603) / Biomol-Informatics participa en el consorcio "Dorian" un Collaborative Project financiado por el 7PM-UE (ref. FP7-223431).
2011. Biomol-Informatics coordinates the "DIGEN-1K" consortium (participants: Madrid Science Park, IdiPaz, CSIC) financed by the Spanish Plan Nacional I+D+I 2011 (Ref: IPT-2011-0964-900000) / Biomol-Informatics coordina el consorcio "DIGEN-1K" (participantes: Parque Científico de Madrid, IdiPaz, CSIC) financiado por el Plan Nacional I+D+I 2011 (Ref: IPT-2011-0964-900000).

Research projects / Proyectos de investigación

2002-2005. "Bio-PARTNeR: Protein interaction network". Fundación Ramón Areces. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
2003-2004. "GenomeSpace: Sequence to structure". Intramural CAB. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
2004. "Molecular basis of the anti-obesity properties of C75 compound". Fundacion Puleva. Research Prize 2004. (Principal Inv: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona).
2004-2007. "Bioinformatics: Protein-protein and protein-ligand interactions. Modelling human CPTI function". Plan Nacional I+D+I. Ref: SAF2004-06843. (Coord: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona; Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
2006-2012. "Bioinformatics: Structure and function of human CPTI". F.I.S. CIBER 2006: Fisiopatología de la Obesidad y Nutrición. Ref: CB06/03/0026. (Inv. Principal: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona).
2007-2009. "BIOSINCEL. Synthetic biology of cellular division: reconstruction of the bacterial division proto-ring". CSIC: Proyectos Intramurales de Frontera 2006. Ref: 200620F0022. (Coord: Miguel Vicente, CNB-CSIC; Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
2007-2010. "COMBACT-CM. New targets to combat pathogenic bacteria". Comunidad de Madrid, I+D Biociencias 2006. Ref: S-BIO-0260-2006. (Coord: Miguel Vicente, CNB-CSIC; Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
2008-2012. "Molecular bases of action of carnitine palmitoyltransferases as regulators of fat oxidation and their role on insulin resistance, type II diabetes and the hypothalamic appetite regulation". Plan Nacional I+D+I 2007. Eje-C Consolider. Ref: SAF2007-61926. (Coord. Consolider: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona).
2009-2012. "DIVINOCELL. Exploiting Gram-negative cell division targets in the test tube to obtain antimicrobial compounds". FP7 collaborative project FP7-HEALTH-F3-2009-223431. (Biomol-Informatics).
2011-2014. "DORIAN. Developmental origins of healthy and unhealthy ageing: the role of maternal obesity". FP7 collaborative project FP7-HEALTH-2011-278603. (Biomol-Informatics).
2011-2014. "DIGEN-1K: Experimental development of a Genetic Diagnostics Method using Next Generation Sequencing". Plan Nacional I+D+I Ref.: INNPACTO IPT-2011-0964-900000. (Principal Inv.: Paulino Gómez-Puertas).
2011-2012. "Use of specific peptides from proteins FtsA and FtsZ as antimicrobials". Plan Nacional I+D+I Ref.: EXPLORA SAF2011-13156-E. (Principal Inv.: Paulino Gómez-Puertas).

R&D contracts / Contratos de I+D.

2008-2010. Contract for Research and Development on Bioinformatics between Biomol-Informatics SL and Fundación "Severo Ochoa". / Contrato de Investigación y Desarrollo en Bioinformática entre Biomol-Informatics SL y la Fundación "Severo Ochoa". (Coordinador: Paulino Gómez-Puertas).
2010-2012. Contract for Research and Development on Bioinformatics between Biomol-Informatics SL and Fundación "Severo Ochoa". / Contrato de Investigación y Desarrollo en Bioinformática entre Biomol-Informatics SL y la Fundación "Severo Ochoa". (Coordinador: Paulino Gómez-Puertas).

Publications / Publicaciones (PubMed)
(A: article/artículo; R: review/revisión; C: book chapter/capítulo de libro; O: other/otros)

2012:

82(A).-

Martín-García, F., Mendieta-Moreno, J.I., López-Viñas, E., *Gómez-Puertas, P. & Mendieta, J. (* Corresponding author) (2012). The Role of Gln(61) in HRas GTP Hydrolysis: A Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Study. Biophysical Journal 102, 152-157. [PubMed] [PDF] [Supp. Inf. PDF] [Supp. video. AVI] [Supp. video. AVI -HD-]

2011:

81(A).-	López, E., Wesselink, J.J., López, I., Mendieta, J., Gómez-Puertas, P. & Muñoz, S.R. (* Co-last authors) (2011). Technical phosphoproteomic and bioinformatic tools useful in cancer research. Journal of Clinical Bioinformatics 1, 26. [PubMed] [PDF]
80(A).-	Puisac, B., Ramos, M., Arnedo, M., Menao, S., Gil-Rodríguez, M.C., Teresa-Rodrigo, M.E., Pié, A., de Karam, J.C., Wesselink, J.J., Giménez, I., Ramos, F.J., Casals, N., Gómez-Puertas, P., Hegardt, F.G. & Pié, J. (2011). Characterization of splice variants of the genes encoding human mitochondrial HMG-CoA lyase and HMG-CoA synthase, the main enzymes of the ketogenesis pathway. Molecular Biology Reports DOI: 10.1007/s11033-011-1270-8. [PubMed] [PDF]
79(A).-	Matos, R.G., Barbas, A, Gómez-Puertas, P. & Arraiano, C.M. (2011). Swapping the domains of exoribonucleases RNase II and RNase R: conferring upon RNase II the ability to degrade dsRNA. PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 79, 1853-1867. [PubMed] [PDF] [Supp. Inf. PDF]
78(A).-	Oroz, J., Valbuena, A., Vera, A.M., Mendieta, J., Gómez-Puertas, P. & Carrión-Vázquez M. (2011). Nanomechanics of the cadherin ectodomain: 'canalization' by Ca2+ binding results in a new mechanical element. Journal of Biological Chemistry 286, 9405-9418. [PubMed] [PDF]
77(R).-	López, E., Matthiesen, R., Mendieta, J., Wesselink, J.J., Gómez-Puertas, P. & Ferreira, A. (2011). Functional phosphoproteomics tools for current immunological disorders research. Journal of Integrated -OMICS 1, 1-16. [Journal] [PDF]
76(A).-	Hurtado, C., Bustos, M.J., Granja, A.G., de León, P., Sabina, P., López-Vinas, E., Gómez-Puertas, P., Revilla, Y. & Carrascosa, A.L. (2011). The African swine fever virus lectin EP153R modulates the surface membrane expression of MHC class I antigens. <Archives of Virology 156, 219-234. [PubMed] [PDF]

2010:

75(R).-	Mingorance, J., Rivas, G., Vélez, M., Gómez-Puertas, P. & Vicente, M. (2010). Strong FtsZ is with the force: mechanisms to constrict bacteria. Trends in Microbiology 18, 348-356. [PubMed] [PDF]
74(A).-	Magro, M., Andreu, D., Gómez-Puertas, P., Melero, J.A. & Palomo, C. (2010). Neutralization of Human Respiratory Syncytial Virus Infectivity by Antibodies and Low Molecular Weight Compounds Targeted Against the Fusion (F) Glycoprotein. Journal of Virology 84, 7970-7982. [PubMed] [PDF]
73(R).-	Romanelli, V., Belinchón, A., Benito-Sanz, S., Martínez-Glez, V., Gracia-Bouthelier, R., Heath, K.E., Campos-Barros, A., García-Miñaur, S., Fernández, L., Meneses, H., López-Siguero, J.P., Guillén-Navarro, E., Gómez-Puertas, P., Wesselink, J.J., Mercado, G., Esteban-Marfil, V., Palomo, R., Mena, R., Sánchez, A., del Campo, M. & Lapunzina, P. (2010). CDKN1C (p57Kip2) Analysis in Beckwith-Wiedemann syndrome (BWS) Patients: Genotype-Phenotype Correlations, Novel Mutations, and Polymorphisms. American Journal of Medical Genetics Part A. 152A, 1390-1397. [PubMed] [PDF]
72(A).-	Pié, J., Gil-Rodríguez, M.C., Ciero, M., López-Viñas, E., Ribate, M.P., Arnedo, M., Deardorff, M.A., Puisac, B., Legarreta, J., de Karam, J.C., Rubio, E., Bueno, I., Baldellou, A., Calvo, M.T., Casals, N., Olivares, J.L., Losada, A., Hegardt, F.G., Krantz, I.D., Gómez-Puertas, P. & Ramos F.J. (2010). Mutations and variants in the cohesion factor genes NIPBL, SMC1A, and SMC3 in a cohort of 30 unrelated patients with Cornelia de Lange syndrome. American Journal of Medical Genetics. Part A. 152A, 924-929. [PubMed] [PDF] [Suppl.Material. PDF]

2009:

71(A).-	Mendieta, J., Rico, A.I., López-Viñas, E., Vicente, M., Mingorance, J. & Gómez-Puertas, P. (2009). Structural and Functional Model for Ionic (K+/Na+) and pH Dependence of GTPase Activity and Polymerization of FtsZ, the Prokaryotic Ortholog of Tubulin. Journal of Molecular Biology 390, 17-25. [PubMed] [PDF]
70(A).-	Barbas, A., Matos, R.G., Amblar, M., López-Viñas, E., Gómez-Puertas, P. & Arraiano, C.M. (2009). Determination of key residues for catalysis and RNA-cleavage specificity: one mutation turns RNase II into a "super"-enzyme. Journal of Biological Chemistry 284, 20486-20498. [PubMed] [PDF]
69(A).-	Menao, S., López-Viñas, E., Mir, C., Puisac, B., Gratacós, E., Arnedo, M., Carrasco, P., Moreno, S., Ramos, M., Gil, M.C., Pié, A., Ribes, A., Pérez-Cerda, C., Ugarte, M., Clayton, P.T., Korman, S.H., Serra, D., Asins, G., Ramos, F.J., Gómez-Puertas, P., Hegardt, F.G., Casals, N. & Pié, J. (2009). Ten novel HMGCL mutations in 24 patients of different origin with 3-hydroxy-3-methyl-glutaric aciduria. Human Mutation 30, E520-9. [PubMed] [PDF]
68(A).-	Mera, P., Bentebibel, A., López-Viñas, E., Cordente, A.G., Gurunathan, C., Sebastián, D., Ariza, X., Gómez-Puertas, P., Asins, G., Serra, D., García, J. & Hegardt, F.G. (2009). C75 is Converted to C75-CoA in the Hypothalamus, where it Inhibits Carnitine Palmitoyltransferase 1 and Decreases Food Intake and Body Weight. Biochemical Pharmacology 77, 1084-1095. [PubMed] [PDF]

2008:

67(A).-	Cuellar, J., Martin-Benito, J., Scheres, S.H.W., Sousa, R., Moro, F., Lopez-Viñas, E., Gomez-Puertas, P., Muga, A., Carrascosa, J.L. & Valpuesta, J.M. (2008). The structure of a CCT:Hsc70NBD complex suggests a mechanism for Hsp70 delivery of substrates to the chaperonin. Nature Structural & Molecular Biology 15, 858-864. [PubMed] [PDF] [Suppl.Info-PDF]
66(A).-	Barbas, A., Matos, R.G., Amblar, M., López-Viñas, E., Gómez-Puertas, P. & Arraiano, C.M. (2008). New insights into the mechanism of RNA degradation by ribonuclease II: identification of the residue responsible for setting the RNase II end-product. Journal of Biological Chemistry 283, 13070-13076. [PubMed] [PDF]
65(A).-	Llorente, M.T., Taylor, I.A., López-Viñas, E., Gómez-Puertas, P., Calder, L.J., García-Barreno, B. & Melero, J.A. (2008). Structural properties of the human respiratory syncytial virus P protein: Evidence for an elongated homotetrameric molecule that is the smallest orthologue within the family of paramyxovirus polymerase co-factors. PROTEINS: Structure, Function and Bioinformatics 72, 946-958. [PubMed] [PDF]
64(A).-	Asenjo, A., Mendieta, J., Gómez-Puertas, P. & Villanueva, N. (2008). Residues in human Respiratory syncytial virus P protein that are essential for its activity on RNA viral synthesis. Virus Research 132, 160-173. [PubMed] [PDF]
63(A).-	López-Viñas, E., Atrian, S., Gomez-Puertas, P., Chabás, A., Vilageliu, L. & Grinberg, D. (2008). An evolutionary and structure-based docking model for glucocerebrosidase-saposin C and glucocerebrosidase-substrate interactions. Relevance for Gaucher disease. PROTEINS: Structure, Function and Bioinformatics 70, 882-891. [PubMed] [PDF] ( Co-first authors)*

2007:

62(R).-
Pié J., López-Viñas, E., Puisac, B., Menao, S., Pié A., Casale, C., Ramos, F., Hegardt, F.G., Gómez-Puertas, P. & Casals, N. (2007). Molecular genetics of HMG-CoA lyase deficiency. Molecular Genetics and Metabolism 92, 198-209. [PubMed] [PDF]

61(A).-
López-Viñas, E., Bentebibel, A., Gurunathan, C., Morillas, M., De Arriaga, D., Serra, D., Asins, G., Hegardt, F. & Gómez-Puertas, P. (2007). Definition by functional and structural analysis of two malonyl-CoA sites in carnitine palmitoyltransferase 1A. Journal of Biological Chemistry 282, 18212-18224. [PubMed] [PDF]

60(A).-
Carrasco, P., Menao, S., López-Viñas, E., Santpere, G., Clotet, J., Sierra, A.Y., Gratacos, E., Puisac, B., Gomez-Puertas, P., Hegardt, F.G., Pie, J. & Casals, N. (2007). C-Terminal End and Aminoacid Lys48 in HMG-Coa Lyase Are Involved in Substrate Binding and Enzyme Activity. Molecular Genetics and Metabolism 91, 120-127. [PubMed] [PDF] (cover paper / artículo de portada).

59(A).- Agirrezabala, X., Velázquez-Muriel, J.A., Gomez-Puertas, P., Scheres, S.H.W., Carazo, J.M., & Carrascosa, J.L. (2007). Quasi-Atomic Model of Bacteriophage T7 Procapsid Shell: Insights into the Structure and Evolution of a Basic Fold. Structure 15, 461-472. [PubMed] [PDF]

58(A).- Cava, F., Laptenko, O., Borukhov, S., Chahlafi, Z., Blas-Galindo, E., Gomez-Puertas, P., & Berenguer, J. (2007). Control of the Respiratory Metabolism of Thermus thermophilus by the Conjugative Respiration Element NCE. Molecular Microbiology 64, 630-646. [PubMed] [PDF]

57(A).-
Contreras, L., Gomez-Puertas, P., Iijima, M., Kobayashi, K., Saheki, T., & Satrústegui, J. (2007). Ca2+ Activation Kinetics of the Two Aspartate-glutamate Mitochondrial Carriers Aralar and Citrin: Role in Heart Malate-aspartate NADH Shuttle. Journal of Biological Chemistry 282, 7098-7106. [PubMed] [PDF]

56(A).- Amblar, M., Barbas, A., Gomez-Puertas, P., & Arraiano, C. (2007). The role of the S1 domain in Exoribonucleolytic Activity: Substrate Specificity and Multimerization. RNA 13, 317-327. [PubMed] [PDF]

55(A).- Martin-Benito, J., Gomez-Reino, J., Stirling, P.C., Lundin, V.F., Gomez-Puertas, P., Boskovic, J., Chacon, P., Fernandez, J.J., Berenguer, J., Leroux, M.R. & Valpuesta, J.M. (2007). Divergent substrate-binding mechanisms reveal an evolutionary specialization of eukaryotic prefoldin compared to its archaeal counterpart. Structure 15, 101-110. [PubMed] [PDF] (cover paper / artículo de portada).

2006:

54(A).- Rodriguez-Pombo, P., Navarrete, R., Merinero, B., Gomez-Puertas, P. & Ugarte, M. (2006). Mutational Spectrum of Maple Syrup Urine Disease in Spain. Human Mutation 27, 715. [PubMed] [PDF]

53(A).-
Cordente, A.G., Lopez-Viñas, E., Vazquez, M.I., Gomez-Puertas, P., Asins, G., Serra, D. & Hegardt, F.G. (2006). Mutagenesis of specific amino acids converts carnitine acetyltransferase into carnitine palmitoyltransferase. Biochemistry45,6133-6141. [PubMed] [PDF]

52(A).-
Bentebibel, A., Sebastian, D., Herrero, L., Lopez-Viñas, E., Serra, D., Asins, G., Gomez-Puertas, P. & Hegardt, F.G. (2006). Novel effect of C75 on Carnitine Palmitoyltransferase I activity and palmitate oxidation. Biochemistry 45, 4339-4350. [PubMed] [PDF]

51(A).-
Mir, C., Lopez-Viñas, E., Aledo, R., Puisac, B., Rizzo, C., Dionisi-Vici, C., Deodato, F., Pie, J., Gomez-Puertas, P., Hegardt, F.G. & Casals, N. (2006). A single residue mutation, G203E, causes 3-hydroxy-3-methylglutaric aciduria by occluding the substrate channel in the 3D structural model of HMG-CoA lyase -Review. Journal of Inherited Metabolic Disease 29, 64-70. [PubMed] [PDF]

50(R).-
Ortiz, A.R., Gomez-Puertas, P., Leo-Macias, A., Lopez-Romero, P., Lopez-Viñas, E., Morreale, A., Murcia, M., & Wang, K. (2006) Computational approaches to model ligand selectivity in drug design. Current Topics in Medicinal Chemistry 6, 41-55. [PubMed] [PDF]

2005:

49(R).-
Perez, B., Desviat, L.R., Gomez-Puertas, P., Martinez, A., Stevens, R.C. & Ugarte, M. (2005). Kinetic and stability analysis of PKU mutations identified in BH(4)-responsive patients - Review. Molecular Genetics and Metabolism 86, S11-S16. [PubMed] [PDF]

48(O).-
Lopez-Viñas, E. & Gomez-Puertas, P. (2005) -Scientific divulgation-. Bioinformatica, la informacion al servicio de la ciencia (Bioinformatics, information in the service of science). Journal of the Official College of Physicists of Spain: Fisica y Sociedad 16, 46-50. [PDF]

47(A).-
Tress, M., de Juan, D., Graña, O., Gomez, M.J., Gomez-Puertas, P., Gonzalez, J.M., Lopez, G. & Valencia, A. (2005). Scoring docking models with evolutionary information. PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 60, 275-280. [PubMed] [PDF]

46(A).-
Puisac, B., Lopez-Viñas, E., Moreno, S., Mir, C., Perez-Cerda, C., Menao, S., Lluch, D., Pie, A., Gomez-Puertas, P., Casals, N., Ugarte, M., Hegardt, F.G. & Pie, J. (2005). Skipping of exon 2 and exon 2 plus 3 of HMG-CoA lyase (HL) gene produces the loss of beta sheets 1 and 2 in the recently proposed (beta-alpha)8 TIM barrel model of HL. Biophysical Chemistry 115, 241-245. [PubMed] [PDF]

2004:

45(A).-
Cordente, A.G., Lopez-Viñas, E., Vazquez, M.I., Swiegers, J.H., Pretorius, I.S., Gomez-Puertas, P., Hegardt, F.G., Asins, G. & Serra, D. (2004). Redesign of carnitine acetyltransferase specificity by protein engineering. Modification of methionine564 broadens the specificity to longer acyl-CoAs as substrates. Journal of Biological Chemistry 279, 33899-33908. [PubMed] [PDF]

44(C).-
Lopez-Viñas, E. & Gomez-Puertas, P. (2004). Sequence and structural alignments of eukaryotic and procaryotic cytoskeletal proteins. Chapter for "Molecules in time and space: Bacterial shape, division and phylogeny." M. Vicente, J. Tamames, A. Valencia & J. Mingorance (Eds.) Kluwer Academic/Plenum Publishers.

43(C).-
Mingorance, J., Rico, A. & Gomez-Puertas, P. (2004). Bacterial morphogenes. Chapter for "Molecules in time and space: Bacterial shape, division and phylogeny." M. Vicente, J. Tamames, A. Valencia & J. Mingorance (Eds.) Kluwer Academic/Plenum Publishers.

42(A).-
Gil, J., García, M.A., Gomez-Puertas, P., Guerra, S., Rullas, J., Nakano, H., Alcami, A. & Esteban, M. (2004). TRAF family proteins link PKR with NF-kB activation. Molecular and Cellular Biology 24, 4502-4512. [PubMed] [PDF]

41(A).-
Morillas, M., Lopez-Viñas, E., Valencia, A., Serra, D., Gomez-Puertas, P., Hegardt, F.G. & Asins, G. (2004). Structural model of carnitine palmitoyltransferase I based on the carnitine acetyltransferase crystal. Biochemical Journal 379, 777-784. [PubMed] [PDF]

40(R).-
Gomez-Puertas, P., Martin-Benito, J., Carrascosa, J.L., Willison, K.R. & Valpuesta, J.M. (2004). The substrate recognition mechanisms in chaperonins - Review. Journal of Molecular Recognition 17, 85-94. [PubMed] [PDF]

39(A).-
Falcon, A.M., Marion, R.M., Zurcher, T., Gomez-Puertas, P., Portela, A., Nieto, A. & Ortin, J. (2004). Defective RNA replication and late gene expression in temperature-sensitive (A/Victoria/3/75) Influenza viruses expressing deleted forms of NS1 protein. Journal of Virology 78, 3880-3888. [PubMed] [PDF]

38(C).-
Lopez-Romero, P., Gomez, M.J., Gomez-Puertas, P. & Valencia, A. (2004). Prediction of functional sites in proteins by evolutionary methods. Chapter for "Principles and Practice. Methods in Proteome and Protein Analysis". R.M. Kamp, J. Calvete & T. Choli-Papadopoulou (Eds.) Springer-Verlag, Berlin Heidelberg.

2003:

37(A).-
Sanchez-Torres, C., Gomez-Puertas, P., Gomez-del-Moral, M., Alonso, F., Escribano, J.M, Ezquerra, A., & Dominguez, J. (2003). Expression of porcine CD163 on monocytes/macrophages correlates with permissiveness to African swine fever infection. Archives of Virology 148, 2307-2323. [PubMed] [PDF]

36(C).-
Gomez-Puertas, P. & Valencia, A. (2003). Prediccion de estructura de proteinas. Chapter for "Estructura de proteinas". C. Gomez-Moreno & J. Sancho (Eds.) Ariel, Barcelona.

35(C).-
Gomez-Puertas, P. & Valencia, A. (2003). Practica IV: Prediccion de estructura de proteinas. Chapter for "Estructura de proteinas". C. Gomez-Moreno & J. Sancho, (Eds.) Ariel, Barcelona.

34(A).-
Gonzalez, J.M., Gomez-Puertas, P., Cavanagh, D., Gorbalenya, A.E. & Enjuanes, L. (2003). A comparative sequence analysis to revise the current taxonomy of the family Coronaviridae. Archives of Virology 148, 2207-2235. [PubMed] [PDF]

33(A).-
Casals, N., Gomez-Puertas, P., Pie, J., Mir, C., Roca, R., Puisac, B., Aledo, R., Clotet, J., Menao, S., Serra, D., Asins, G., Till, J., Elias-Jones, A.C., Cresto, J.C., Chamoles, N.A., Abdenur, J.E., Mayatepek, E., Besley, G., Valencia, A. &. Hegardt, F.G. (2003). Structural (ab)8 TIM barrel model of 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A lyase. Mutation of Ser75, Ser201 and Asp204 impairs the catalytic activity. Journal of Biological Chemistry 278, 29016-29023. [PubMed] [PDF]

32(O).-
Gomez-Puertas, P. & Valencia, A. (2003). ESF programme on 'Integrated Approaches for Functional Genomics' workshop on 'Modelling of Molecular Networks'. Comparative and Functional Genomics 4, 144-147. [PubMed] [PDF]

31(A).-
Morillas, M., Gomez-Puertas, P., Bentebibel, A., Selles, E., Casals, N., Valencia, A., Hegardt, F.G., Asins, G., & Serra, D. (2003). Identification of conserved amino acid residues in rat liver carnitine palmitoyltransferase I critical for malonyl-CoA inhibition. Mutation of methionine 593 abolishes malonyl-CoA inhibition. Journal of Biological Chemistry 278, 9058-9063. [PubMed] [PDF]

30(A).-
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4(A).-
Huidrobro, A., Blanco, P., Villalba, M., Gomez-Puertas, P., Villa, A., Bogonez, E., Martinez-Serrano, A., Aparicio, J.J. & Satrustegui, J. (1993). Age-related changes in calcium homeostatic mechanisms in synaptosomes in relation with working memory deficiency. Neurobiology of Aging 14, 479-486. [PubMed]

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Meetings / Congresos

12th Biennial Meeting of the International Society for Neurochemistry. 1989. El Algarve (Portugal).
I Congreso Iberoamericano de Biofísica. 1989. Sevilla. (Spain).
XVI Congreso Nacional de la Sociedad Española de Bioquímica. 1989. Alicante. (Spain).
8th General Meeting of the European Society for Neurochemistry. 1990. Leipzig (Germany).
Simposio Multidisciplinario sobre Enfermedad de Alzheimer y Otras Demencias. 1990. Pamplona. (Spain).
IV Portuguese-Spanish Biochemistry Congress. 1991. Póvoa de Varzim (Portugal).
8th International Conference on Second Messengers & Phosphoproteins. 1992. Glasgow (Scotland).
II Congreso Iberoamericano de Geriatría y Gerontología - V Centenario. 1992. Sevilla. (Spain).
V Congreso Nacional de Virología. 1995. Madrid. (Spain).
The First European Meeting of Virology. 1995. Würzburg (Germany).
IX International Meeting on Poxvirus and Iridovirus. 1996. Toledo. (Spain).
IV Congreso Nacional de Virología. 1997. Santiago de Compostela. (Spain).
XIth International Congress of Virology. 1999. Sydney (Australia).
VI Congreso Nacional de Virología. 1999. Madrid (Spain).
European Virology 2000. Glasgow (Scotland).
Chaperonins: Structure and Function. 2000. Juan March Inst. Madrid (Spain).
Structural Genomics and Bioinformatics. 2001. Juan March Inst. Madrid (Spain).
XXIV Congreso de la SEBBM. 2001. Spain.
Manufacturing Bacteria: Cell Division Components. 2002. Juan March Inst. Madrid (Spain).
(Invited / Invitado) Blue Sky Workshop. US-EC TaskForce on Biotechnology Research. 2001. Washington D.C. (USA).
(Chairman / Moderador) III Jornadas de Bioinformática. 2002. Salamanca (Spain).
(Organizer / Organizador) ESF Workshop: Modelling of molecular networks. 2002. Granada (Spain).
(Invited / Invitado) ESF Workshop: Protein Structure Prediction. 2002. Antalya (Turkey).
(Invited / Invitado) Mundo BIOTECH 2003. Madrid (Spain).
(Committee member / Miembro del Comité) IV Jornadas de Bioinformática JBI 2003. La Coruña (Spain).
BIFI 2004. Biology after the Genome: a Physical View. Zaragoza (Spain).
Micro_MATRIX workshop on Antimicrobial Resistance. 2004. Las Navas (Spain).
(Invited / Invitado) Mundo BIOTECH 2004. Madrid (Spain).
V Jornadas de Bioinformática. 2004. Barcelona (Spain).
(Invited / Invitado) I Jornadas Divinocell. 2006. Madrid. (Spain).
IX Congreso Nacional de Virología. 2007. Zaragoza. (Spain).
6th International Respiratory Syncytial Virus Symposium. 2007. Marco Island, Florida (USA).
32nd FEBS Congress: Molecular Machines. 2007. Wien (Austria).
(Scientific Committee / Comité Científico) 1st International Workshop on Bioinformatic and Chemoinformatic Intelligent Systems. 2007. Salamanca. (Spain).
(Invited / Invitado) I workshop "Cornelia de Lange Syndrome and Cohesinopaties". 2007. Zaragoza. (Spain).
(Chairman / Moderador) 1st International Symposium CIBERobn. 2007. Santiago de Compostela. (Spain).
XXIX Congreso Chileno de Microbiología. 2008. Viña del Mar (Chile).
(Scientific Committee / Comité Científico) 8th Spanish Symposium on Bioinformatics and Computational Biology. 2008. Valencia. (Spain).
(Scientific Committee / Comité Científico) 2nd International Workshop on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (IWPACBB'08). 2008. Salamanca. (Spain).
(Invited / Invitado) 1st International Divinocell Meeting. 2009. Las Rozas - Madrid. (Spain).
XXXII Congreso de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular. 2009. Oviedo. (Spain).
Frontiers of Prokaryotic Cell Biology. EMBO workshop. 2009. Oxford (UK)
(Invited / Invitado) 2nd International Divinocell Meeting. 2010. Cambridge. (UK).
(Invited / Invitado) Workshop in Biomathematics. Institute for the Mathematical Sciences. 2010. Madrid (Spain).
(Closing conference / Conferencia de clausura) 1st Physiology Workshop. Faculty of Medicine. University of Zaragoza. 2010. Zaragoza (Spain).
(Invited / Invitado) XXXIII Congreso Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular. 2010. Córdoba (Spain).
IV Spanish-Portuguese Biophysical Congress. 2010. Zaragoza (Spain).
(Chairman / Moderador) Bioinformatics Solutions. BIOSPAIN 2010 - 5th International Meeting on Biotechnology. 2010. Pamplona (Spain).
(Scientific Committee / Comité Científico) Xth Spanish Symposium on Bioinformatics (JBI2010). 2010. Málaga (Spain).
(Invited / Invitado) COMBACT closing workshop. 2010. Madrid (Spain).
(Scientific Committee / Comité Científico) 5th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (IWPACBB’11) 2011. Salamanca. (Spain).
(Invited / Invitado) ESF Exploratory Workshop - PESC. Bacterial Protein Dynamic Scaffolds For Fabrication Of Self-organized Nanostructures. 2011. Madrid (Spain).
(Invited / Invitado) 2nd Meeting of Madrid Synthetic Biology Club. CNB-CSIC. 2011. Madrid (Spain).
(Invited / Invitado) Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología de Salamanca (IRNASA-CSIC) 2011. Salamanca (Spain). www.salamanca24horas.com.
8th European Biophysics Congres. 2011 Budapest (Hungary).
XIth Spanish Simposium on Bioinformatics (JBI2012). 2012. Barcelona (Spain).
(Invited / Invitado) DORIAN workshop. Epigenetics and Obesity. 2012. Pisa (Italy).

TEACHING / DOCENCIA

Thesis direction / Dirección de tesis doctorales:

Jose Maria Oviedo Valencia. "Propiedades antigénicas e inmunogénicas de las proteínas mayoritarias p72, p30 y p54 del virus de la Peste porcina africana". Cum laude. Universidad Complutense de Madrid. 1997.
Eduardo López Viñas. "Integración de información evolutiva y estructural mediante herramientas bioinformáticas. Estudio funcional de la familia de enzimas de las carnitina/colina-aciltransferasas."Cum laude. Universidad Autónoma de Madrid. 2008.
Fernando Martín García. "Dinámica Molecular del mecanismo enzimático de GTPasas. Su aplicación al estudio de FtsZ y al diseño de antibióticos."/ "Molecular Dynamics of enzymatic mechanism of GTPases. Its application to the study of FtsZ and to the design of antimicrobials." (in progress / en proceso). Universidad Autónoma de Madrid.
Jesús Ignacio Mendieta Moreno. "Interfaz Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular (QM/MM): implementación de la Teoría de Funcionales de Densidad (DFT) en el estudio de los mecanismos enzimáticos de GTPasas y ATPasas." / "Quantum Mechanics / Molecular Mechanics (QM/MM) interface: implementation of Density Functional Theory (DFT) in the study of enzymatic mechanism of GTPases and ATPases." (in progress / en proceso). Universidad Autónoma de Madrid.
Íñigo Marcos Alcalde. "Dinámica Molecular del mecanismo enzimático de GTPasas implicadas en segregación cromosómica." / "Molecular Dynamics of the enzymatic mechanism of GTPases involved in chromosome segregation." (in progress / en proceso). Universidad Autónoma de Madrid.

Advanced Studies Diploma / Diploma de Estudios Avanzados:

Eduardo López Viñas. Universidad Autónoma de Madrid. 2004.

Master Diploma:

Fernando Martín García. Master in Biophysics. Universidad Autónoma de Madrid. 2010.
Jesús Ignacio Mendieta Moreno. Master in Biophysics. Universidad Autónoma de Madrid. 2011.
Íñigo Marcos Alcalde. Master in Biophysics. Universidad Autónoma de Madrid. 2011.

Popular science / Divulgación científica:

COMBACT extension: COMBACT conferences for secondary school students / Conferencias COMBACT para estudiantes de secundaria. (Download brochure/ descargar folleto: PDF)

IES Benjamin Rua (Móstoles, Madrid). Mar-2008.
IES Leon Felipe (Getafe, Madrid). May-2008.
IES Los Rosales (Móstoles, Madrid). Nov-2008.
IES Los Castillos (Alcorcón, Madrid). Feb-2009.
IES Leon Felipe (Getafe, Madrid). May-2009.
Colegio Virgen de Europa (Boadilla, Madrid). Feb-2010.
Colegio Fuenllana (Alcorcón, Madrid). Feb-2010.
IES Francisco Umbral (Ciempozuelos, Madrid). Dic-2010.
Colegio Altair (Madrid). Mar-2011.
IES Senda Galiana (Torres de la Alameda, Madrid). Mar-2011.
IES Leon Felipe (Getafe, Madrid). Jun-2011.
IES Los Castillos (Alcorcón, Madrid). Dic-2011.

Undergraduate courses / Asignaturas de licenciatura:

Farmacology and Molecular Toxicology. Biochemistry. Universidad Autónoma de Madrid (2005-2006). http://www.cbm.uam.es/pagomez/FarmaToxMol
Fundamentals of Bioinformatics. Biotechnology. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2005-2006). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/UFV0506
Farmacology and Molecular Toxicology. Biochemistry. Universidad Autónoma de Madrid (2006-2007). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/Farmamol06
Fundamentals of Bioinformatics. Biotechnology. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2006-2007). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/UFV0607
Farmacology and Molecular Toxicology. Biochemistry. Universidad Autónoma de Madrid (2007-2008). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/Farmamol07
Fundamentals of Bioinformatics. Biotechnology. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2007-2008). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/UFV0708

Organization of doctorate and specialization courses / Organización de cursos de doctorado y especialización:

Ph. D. Course on Bioinformatics. "BioInfo2001". Faculty of Sciences. Universidad Autónoma de Madrid. Spain. (2001). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/BioInfo2001
Ph. D. Course on Bioinformatics. "BioInfo2002". Faculty of Sciences. Universidad Autónoma de Madrid. Spain. (2002). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/BioInfo2002
I3P course: Protein modelling. Centro Nacional de Biotecnologia. Madrid (2002). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/CursoI3P2002
Ph. D. Course on Bioinformatics. "BioInfo2003". Faculty of Sciences. Universidad Autónoma de Madrid. Spain. (2003). http://bioinfo.cnio.es/docus/courses/bioinformatica03/
Ph. D. Course on Bioinformatics: Analysis of Genomes and Proteins Structure. Universidad de Leon. Spain. (2003). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/Leon2003
Master in Bioinformatics and Computational biology. Coordinator. Universidad Complutense de Madrid (2003). http://www.almabioinfo.com/training_2002-03/bioinfo_masterI.html
Ph. D. Course on Bioinformatics. "BioInfo2004". Faculty of Sciences. Universidad Autónoma de Madrid. Spain. (2004). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/BioInfo2004
Ph. D. Course on Bioinformatics: Analysis of Gene Sequence and Expression Data. Universidad de Leon. Spain. (2004). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/Leon2004
Analisis de datos de expresion genica. DNA arrays. Centro de Biologia Molecular "Severo Ochoa". Madrid (2004). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/CBM_arrays2004
Ph. D. Course: Bioinformática: análisis y predicción de secuencia y estructura de proteínas. Universidad Autónoma de Madrid (2005). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/BioInfo2005
Ph. D. Course: Análisis bioinformático de secuencias y expresión de genes y genomas. Universidad Autónoma de Madrid (2005). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/BioInfo2005
Alineamiento de secuencias y modelado de proteínas. Centro de Biologia Molecular "Severo Ochoa". Madrid (2005). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/CBMSO2005
Bioinformática: Introduccion a la predicción de estructura de proteínas e interacciones proteína-ligando. Universidad de León. Spain (2005). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/Leon2005
Ph. D. Course: Bioinformática: análisis y predicción de secuencia y estructura de proteínas. Universidad Autónoma de Madrid (2006). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/BioInfo2006
Biotecnología y Bioinformática. Universidad de León. Spain (2006). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/Leon2006
Ph. D. Course: Bioinformática: análisis y predicción de secuencia y estructura de proteínas. Universidad Autónoma de Madrid (2007). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/BioInfo2007
Biotecnología y Bioinformática. Universidad de León. Spain (2007). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/Leon2007
Bioinformática. Master en Biofísica de la Universidad Autónoma de Madrid, 2007-2008. http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/MasterBiofis0708
Ph. D. Course: Bioinformática: análisis y predicción de secuencia y estructura de proteínas. Universidad Autónoma de Madrid (2008). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/BioInfo2008
Biotecnología y Bioinformática. Universidad de León. Spain (2008). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/Leon2008
Introducción al Diseño Molecular 3D de Proteínas. Instituto de Salud Carlos III (2009). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/ISCIII2009

Collaboration in specialization courses / Colaboración en cursos de especialización:

Bioinformatics Course on Gene Identification and Protein Functional Analysis. "Instituto Gulbenkian de Ciência". Oeiras, Portugal (2000). http://www.igc.gulbenkian.pt
Text queries: SRS, Entrez. "Bioinformatics: Use of genetic databases in plant breeding". International Centre for Advanced Mediterranean Agronomic Studies. Zaragoza (2001). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Zaragoza2001
"Bioinformatics". Ph.D. course. Microbiology area. Universidad de Leon. Spain (2001). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Leon2001
Doctorado: Eines informàtiques per a Genètica Molecular. Universidad de Barcelona (2001). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Barcelona2001
Bioinformatics Course FVi2001. University Center "Francisco de Vitoria". Madrid (2001): http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/FVi2001
Specialist in Bioinformatics: Genomics and Proteomics. Fundacion General de la Universidad Complutense. Madrid (2001). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Complutense2001
Ph.D. Course: Eines informàtiques per a Genètica Molecular. Universitat de Barcelona (2002). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Barcelona2002
Integrative Bioinformatics. "Introduction to Bioinformatics". Universidad de Salamanca (2002).
Sequence alignment. Motifs, profiles and domains. "Theoretical and Practical course on Bioinformatics". ALMA Bioinformatica. Madrid. (2002). http://www.almabioinfo.com
Bioinformatics: DNA analysis. Universidad de Leon (2002). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Leon2002
Prediction of protein structure and function. Cursos de Verano de El Escorial (2002). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Escorial2002
Specialist in Bioinformatics: Genomics and Proteomics. Fundacion General de la Universidad Complutense. Madrid (2002). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Complutense2002/
Bioinformatics: Protein analysis. Universidad de Leon (2002). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Leon_Proteins_2002
Analysis and Comparison of Genes and Genomes. VI Master Biotecnology. Univ. Autónoma de Madrid (2002). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/MasterUAM2002
Ph.D. Course: Eines informàtiques per a Genètica Molecular. Universitat de Barcelona (2003). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/Barcelona2003
II Theoretical and Practical course on Bioinformatics. ALMA Bioinformatica. Madrid (2003). http://www.almabioinfo.com
SemBioGen 2003. Seminar: Bioinformatics for Genetics. Universidad de Zaragoza (2003). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/Zaragoza2003
Specialist in Bioinformatics: Genomics and Proteomics. Fundacion General de la Universidad Complutense. Madrid (2003). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Complutense2003/
Predicción de estructuras e interaciones entre proteínas. JBI-2003. La Coruña (2003). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/JBI2003
Protein Structure and Function. EuroLab course: Advanced Computing in NMR Spectroscopy. Florencia, Italia. (2003). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/Florence2003
Ph.D. course: Eines informàtiques per a Genètica Molecular. Universitat de Barcelona (2004). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/Barcelona2004
Doctorado: Predicción de estructura de proteínas. Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas. Madrid (2004). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/CNIO2004
Prediction of Protein structure.Homology modeling. Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa". Madrid (2004). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/CBMSO2004
Bioinformatica y Biologia Computacional. Escuela Complutense de Verano. Madrid (2004). http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Complutense2004/
Bioinformatics Course FVi2005. University Center "Francisco de Vitoria". Madrid (2005): http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/FVI2005
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Master de Recerça Basica en Odontologia i Biomedicina. Universitat Internacional de Catalunya. Barcelona (2008).http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/UIC2008
II-Master de Recerça Basica en Odontologia i Biomedicina. Universitat Internacional de Catalunya. Barcelona (2009).
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Genómica aplicada a la Medicina Clínica (Bioinformática y Biomedicina). Institut Català de Ciències Cardiovasculars (ICCC), Barcelona (2009).
Genómica aplicada a la Medicina Clínica (Bioinformática y Biomedicina). Hospital Universitario Ramón y Cajal, Madrid (2009).
Master en Investigacion Biomédica Traslacional. Universidad de Córdoba (2010).
Genómica aplicada a la Medicina Clínica (Bioinformática y Biomedicina). Hospital Universitario La Paz, Madrid (2010).
Bioinformática. Master en Virología. Universidad Complutense de Madrid (2011).
Diseño Molecular 3D de Proteínas. Instituto de Salud Carlos III (2011).
Bioinformática. Master en Virología. Universidad Complutense de Madrid (2012).

BIOWEB: MOLECULAR MODELLING GROUP
Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" (CSIC-UAM).
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