Nuestros proyectos sobre metagenómica viral han reconstruido la historia natural de los aislados del virus ectromelia causantes de brotes de viruela del ratón en instalaciones de estabulación de todo el mundo y han proporcionado la primera secuencia genómica de un aislado natural. Los estudios sobre los herpesvirus demostraron que el virus del herpes simple 1 (VHS-1) y el VHS-2 generan una diversidad mayor de la esperada para los virus ADN. El VHS-2, que infecta la mucosa genital, genera más variantes que el VHS-1, que infecta la mucosa oronasal, y esto puede haber contribuido a la divergencia evolutiva de estos virus que se adaptan a nichos anatómicos diferentes. Ampliamos nuestros proyectos de metagenómica viral ambiental a la identificación de nuevos virus en valles secos antárticos, sedimentos lacustres antárticos y árticos, y muestras de agua de ecosistemas alpinos en el Parque Nacional de Ordesa y Monte Perdido, en los Pirineos. Estos estudios pueden identificar propiedades comunes de virus que habitan en regiones polares y alpinas, ecosistemas extremos similares separados geográficamente.

La pandemia COVID19 ha ilustrado la importancia de la transmisión de virus por vía aérea y la necesidad de mejorar la calidad microbiológica del aire. Durante la pandemia de COVID19 optimizamos una tecnología de filtración para capturar virus aerotransportados y la hemos utilizado para monitorizar la presencia de SARS-CoV-2 en el aire de los hospitales y para secuenciar genomas completos de virus presentes en muestras de aire. Estamos ampliando estos estudios a otros virus respiratorios humanos. Utilizando esta tecnología, demostramos la presencia del virus mpox (viruela del mono) en muestras de aire durante el reciente brote internacional de mpox de 2022, lo que sugiere que la transmisión aérea puede desempeñar un papel en futuros brotes de mpox. En colaboración con tecnólogos, desarrollamos nuevos métodos de muestreo de virus aerotransportados y para la inactivación de virus en el aire.