1. Asesoramiento técnico: En cualquier proyecto para el que se nos pida ayuda, nos reunimos con el investigador para conocer sus objetivos de investigación, las preguntas concretas a las que desea dar respuesta y los recursos disponibles para el proyecto.
2. Interpretación de resultados: Colaboramos con el usuario en la interpretación de los datos obtenidos, identificando patrones, variaciones genéticas, expresión génica diferencial u otras características relevantes en función del proyecto.
3. Presentación de resultados: Enviamos a los usuarios informes detallados en inglés donde se incluyen resultados, metodología, gráficos, tablas y conclusiones.
4. Seguimiento y ajustes: Supervisamos el progreso del proyecto y ajustamos el diseño experimental o los métodos de análisis según sea necesario en función de los resultados preliminares.
5. Formación: Proporcionamos formación de alta calidad y personalizada con el objetivo de dotar a los usuarios de las habilidades y conocimientos necesarios sobre análisis de datos de secuenciación masiva, otros datos ómicos y análisis estadístico de datos. Nuestro enfoque se basa en la comprensión de las necesidades individuales de cada usuario y adaptamos el curso solicitado personalizándolo en función de los objetivos del usuario. También ofrecemos formación en el uso del software de análisis de enriquecimiento de rutas Ingenuity Pathway Analysis (IPA).

1. Diseño experimental: Ayudamos al investigador a definir claramente los objetivos del estudio. Recomendamos la plataforma y tecnología de secuenciación adecuada para el proyecto en función de los objetivos y presupuesto disponible, teniendo en cuenta el tipo y tamaño de muestra, organismo de estudio, controles necesarios, estrategia de secuenciación, longitud de lectura y profundidad de secuenciación requerida. En función de estas necesidades detectadas, se externaliza la generación de librerías y secuenciación, contactando con diferentes unidades de secuenciación para informar y asesorar al usuario sobre precios y estrategias adecuadas a su proyecto. Una vez seleccionado, se acompaña al usuario en todo momento, monitorizando el proceso.
2. Propuestas técnicas para la solicitud de proyectos: Ayuda a los investigadores a preparar propuestas técnicas (grant proposals) con el objetivo de solicitar fondos o recursos para llevar a cabo un proyecto concreto donde incluimos detalles sobre el diseño experimental, métodos de secuenciación, análisis de datos, presupuesto estimado y justificación de la necesidad y relevancia del proyecto incluyendo datos que justifiquen la técnica para el proyecto.

– Selección de métodos de preprocesamiento y análisis: Identificamos las herramientas y métodos de preprocesamiento y análisis de datos adecuados al tipo de secuenciación.
– Planificación del control de calidad: Definimos estrategias para el control de calidad de los datos de secuenciación, como la eliminación de secuencias de baja calidad, la detección de artefactos y la evaluación de la cobertura.
– Análisis computacional de datos de secuenciación masiva (NGS): resecuenciación (DNA-seq), ensamblaje de novo, RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, CLIP-seq, Exome-seq, Ribo-seq, IsoSeq, Single-cell, metabolómica, 16S, 18S, ITS y otros amplicones y metagenómica shotgun. Análisis de enriquecimiento de rutas, búsqueda de variantes germinales o somáticas, SNP/InDel, CNV y variantes estructurales, microarrays, etc. Representación gráfica de los resultados de forma personalizada según las necesidades del usuario.
– Análisis computacional de datos proteómicos y metabolómicos: Análisis estadístico multivariante de datos proteómicos y metabolómicos, análisis de componentes principales (PCA) o análisis de discriminación lineal (LDA) para la agrupación de muestras en función de la expresión de determinadas proteínas/metabolitos. Mapeo de proteínas/metabolitos a rutas metabólicas conocidas para analizar perfiles diferenciales. Representación gráfica de los resultados de forma personalizada según las necesidades del usuario.
– Análisis de integración de datos multiómicos: Combinación de datos ómicos NGS como genómica, transcriptómica, etc. con datos de metabolómica y proteómica para una comprensión completa de los procesos biológicos. Análisis de aprendizaje automático para construir modelos predictivos. Representación gráfica de los resultados de forma personalizada según las necesidades del usuario.
– Desarrollo, implementación y creación de software a medida para el análisis de datos: Programación en diferentes lenguajes según las necesidades del Servicio (Phyton, R, Bash, Tcsh, etc.) para desarrollar scripts ad hoc.
– Análisis estadístico de datos experimentales: análisis exploratorio, comprobación de hipótesis con métodos paramétricos y no paramétricos, métodos estadísticos robustos, ANOVA, análisis de componentes principales (PCA), minería de datos (aprendizaje automático), curvas ROC, etc. Representación gráfica de resultados de forma personalizada según las necesidades del usuario.
– Envío de secuencias a repositorios europeos, concretamente al Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA) y al Archivo Europeo del Genoma-Fenoma (EGA) pertenecientes al Instituto Europeo de Bioinformática (EBI). Se trata de una forma segura y confidencial de mantener los datos, además de ser un requisito imprescindible a la hora de publicar los resultados en revistas científicas. Como usuarios colaboradores de ENA (Brokers), nos encargamos del mantenimiento de los datos, así como de renovar la privacidad de los mismos.