Programa Científico

Interacciones con el entorno

GRUPO DE INVESTIGACIÓN

Grupo de modelado molecular

Paulino Gómez-Puertas

Laboratorio de biología computacional. El trabajo se centra en la integración de información evolutiva y estructural para estudiar la función de las proteínas, la simulación de procesos dinámicos de interacción proteína-proteína y proteína-ligando, el desarrollo de nuevos sistemas de diseño de fármacos «in silico» y la generación de nuevos métodos cuantitativos para biología computacional.

Investigación

Proyectos en curso:

– Análisis mediante simulación computacional de reacciones enzimáticas catalizadas por enzimas de interés biomédico. Diseño de inhibidores específicos. Cohesina: Análisis de las interacciones moleculares entre los componentes proteicos del anillo de cohesina y de la interacción del complejo proteico con el ADN. Carbapenemasas: Simulación dinámica de la interacción de carbapenemasas bacterianas (VIM-2, KPC-2, OXA-48) con sustratos e inhibidores conocidos.

– Desarrollo de un nuevo y eficaz sistema de diseño de fármacos basado en la simulación dinámica computacional de estructuras macromoleculares. Basado en el análisis de centros activos de enzimas, el método desarrollado por nuestro grupo consiste en simular estas estructuras proteicas mediante dinámica molecular durante varios cientos de nanosegundos, seleccionar diferentes estructuras representativas y filtrar una base de datos de compuestos 3D para cada una de ellas. Se utiliza actualmente en el diseño de nuevos inhibidores de carbapenemasas y el diseño de inhibidores específicos como fármacos antitumorales.

– Desarrollo de métodos eficaces para calcular trayectorias de valores de parámetros mínimos o máximos (p.e., trayectorias de mínima energía) a través de superficies de cualquier número de dimensiones.

Miembros del grupo

Paulino Gómez Puertas

Lab.: 313 Ext.: 4663
pagomez(at)cbm.csic.es

Iñigo Marcos Alcalde

Lab.: 313 Ext.: 4662
imarcos(at)cbm.csic.es

David Ros Pardo

Lab.: 313 Ext.: 4662
davidrp(at)cbm.csic.es

Publicaciones representativas

Two-step ATP-driven opening of cohesin head

Íñigo Marcos-Alcalde et al.

MEPSA: minimum energy pathway analysis for energy landscapes

Iñigo Marcos-Alcalde et al.

MEPSAnd: minimum energy path surface analysis over n-dimensional surfaces

Iñigo Marcos-Alcalde et al.

STAG2: Computational Analysis of Missense Variants Involved in Disease

David Ros-Pardo et al.

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