Proteomics
El Servicio de Proteómica es uno de los servicios científicos pertenecientes al Centro de Biología Molecular “Severo Ochoa” cuyo fin es proporcionar un apoyo científico-técnico a los diferentes grupos de investigación en la identificación y caracterización de proteínas mediante técnicas de espectrometría de masas (EM).
Cualquier laboratorio, público o privado, puede disponer de nuestros servicios siendo prioritarias las muestras procedentes del C.B.M.S.O.
La trayectoria del laboratorio desde 1993 hasta la actualidad ha sido paralela a la evolución de la comunidad científica en el estudio de las proteínas.
A pesar de no haber perdido nunca su protagonismo, la dificultad de trabajar con proteínas con las técnicas existentes dio paso al desarrollo de la Biología Molecular que, junto con la Bioquímica, permitieron el estudio proteico durante mucho tiempo mediante el clonaje, la manipulación y la expresión génica. Hace unos años, las técnicas en Química de Proteínas nos permitían obtener información parcial de la secuencia primaria N-terminal mediante la degradación de “Edman” pero de forma lenta, a pequeña escala y costosa. El desarrollo espectacular de las técnicas de Espectrometría de Masas aplicadas a proteínas sumado al desarrollo Bioinformático ha permitido que, laboratorios como el nuestro, nos encontremos ante un nuevo paradigma pasando, en muy poco tiempo, de la identificación textual a la identificación “numérica” de proteínas en Bases de Datos. Actualmente se pueden identificar, caracterizar y cuantificar un alto número de proteínas de un proteoma dado, en un breve periodo de tiempo.
El Servicio de Proteómica es uno de los laboratorios con más experiencia en España en el estudio de la secuencia primaria de las proteínas. La adquisición de un espectrómetro de masas de trampa iónica en el año 1997 permitió el desarrollo de un Servicio de Proteómica pionero en el análisis para la identificación de péptidos mediante fragmentación.
Desde el año 2005 nuestro laboratorio forma parte del Instituto Nacional de Proteómica, ahora llamado Plataforma de Proteómica de la Red Carlos III. ProteoRed-ISCIII es una Red Nacional para la coordinación, integración y desarrollo de los Servicios de Proteómica Españoles prestando servicios de proteómica como soporte a los investigadores españoles en este campo. ProteoRed-ISCIII pretende avanzar en la ciencia de la Proteómica y promover el estudio y el trabajo de investigación en Proteómica y temas relacionados para el beneficio público. Su principal objetivo es integrar y coordinar las actividades de los Servicios de Proteómica Españoles y evaluar la calidad de los servicios ofertados. ProteoRed es un sello de calidad, www.proteored.org.
Nuestro Servicio proporciona gestión electrónica a través de la web del servicio. El usuario tiene fácil acceso a toda la información, que incluye: la oferta de servicio, lista de precios, infraestructura, protocolos, eventos en proteómica, etc. Tras diseñar el trabajo junto al personal del Servicio, el usuario puede solicitar los análisis de modo presencial, por teléfono o vía e-mail.
Nuestro Servicio ha sido usado por numerosos proyectos de investigación en toda España así como por investigadores a nivel internacional.
| Last name | Name | Laboratory | Ext.* | |
|---|---|---|---|---|
| García García | Carlos | 311 | 4654 | cgarcia(at)cbm.csic.es |
| Morato López | Esperanza | 311 | 4654 | emorato(at)cbm.csic.es |
| Rosell García | Tamara | 311 | 4654 | trosell(at)cbm.csic.es |
Trampa iónica lineal Modelo LTQ-VELOS de Thermo-Scientific
Casa comercial: Thermo-Scientific
Equipos: 1
Ubicación: Lab 311
Características:
- Fuente de ionización electrospray (ESI) micro
- Acoplado a un HPLC modelo 1100 de Agilent con restrictor de flujo inteligente
- El analizador de este modelo está formado por dos trampas lineales en tandem, cada una con distinta presión de Helio con el fin de optimizar los distintos tipos de análisis y aumentar la velocidad
Aplicaciones:
- Identificación de péptidos y proteínas mediante MS/MS
- Caracterización de modificaciones postraduccionales
- Proteómica dirigida empleando el modo SMIM (Single Mass Ion Monitoring)
LTQ-ORBITRAP-VELO-PRO de Thermo-Scientific
Casa comercial: Thermo-Scientific
Equipos: 1
Ubicación: Lab 311
Características:
- Espectrómetro de masas de alta resolución
- Fuente de ionización electrospray (ESI) nano
- Acoplado a un HPLC EASY-nLC II de Proxeon
- Equipado con dos analizadores de tipo trampa lineal en tandem y un analizador Orbitrap. Proporcionan gran rapidez, sensibilidad y exactitud de masa
- Fragmentación CID en trampa y HCD en celda
Aplicaciones:
- Identificación de péptidos y proteínas mediante MS/MS
- Caracterización de modificaciones postraduccionales
- Proteómica dirigida empleando el modo SMIM (Single Mass Ion Monitoring)
- Cuantificación de péptidos y proteínas mediante MS/MS utilizando iTRAQ/TMT y “Label-Free”
- Servicio de análisis
- Normas de utilización
- Solicitudes y plantillas
- Fundamentos de espectrometría de masas
- Materiales y métodos
- Publicaciones de la Unidad
